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El pedagogo eslovaco Jan Amos Komenský fue el primero en sentar las bases para esta futura ciencia, quien intentó acometer una profunda reforma pedagógica de su época en su obra Didáctica Magna
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Jean-Jacques Rousseau fue el primero en abordar la estrecha relación existente entre el psiquismo y la educación en su tratado Emilio.
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Sitúan el nacimiento de prácticas que le son propias en Estados Unidos y en la segunda mitad del siglo XIX, fuertemente influido por el positivismo científico de Auguste Comte.
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Se empezó a mostrar una preocupación creciente por modernizar y universalizar la educación, por lo que se hizo la aprobación de la Ley Educativa Obligatoria en Rhode Island.
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A finales del Siglo XIX, , fue impulsada la pedagogía en acción por teóricos de la talla del estadounidense John Dewey, y secundada en Europa por los pedagogos Georg Kerschensteiner o Maria Montessori.
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En los primeros años del siglo XX, en el auge del control positivo y a la experimentación experimental, el psicólogo alemán Hugo Münsterberg abogarían por la psicotécnica pedagógica.
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La fundación de la National Society for the Study of Education, empezaron a tener publicaciones y actividades que ejercerían una notable influencia en el ámbito de la psicopedagogía.
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España ya contaba con su Museo Pedagógico, dotado de instalaciones de psicología y pedagogía.
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El término se empleó por primera vez en 1908, en un ensayo publicado en París. Se pudo leer la palabra psycho-pédagogie en Essais de Pédologie générale, editado en París y escrito por G. Persigout
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El primero en utilizar este concepto en Italia fue Emilio Galli, quien lo mencionaba en un texto publicado en Milán, y en el que establecía las pautas de los exámenes psicopedagógicos. Además, fue allí donde aparecía por primera vez la figura del profesional que se ocupa de llevar a cabo este proceso, bautizado por Galli como psicopedadogo.
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El primer trabajo en el que se cita el término psicopedagogía lleva por título Nuevo tratamiento de la sordera, de la pedagoga Francisca Rovira y publicado en Barcelona en 1914.
Este mismo año también vio la luz la obra fundacional Diagnóstico de niños anormales, de Anselmo González -
Estados Unidos incluía la educación especial como parte del ámbito educativo
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El primer texto en el que se habla de psychologisch-pädagogisches, también dedicado a la sordera, data de 1933.
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El país EUA asistiría al surgimiento de las primeras asociaciones de padres con hijos con dificultades de aprendizaje, tales como trastornos del lenguaje o del lenguaje escrito.
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En España, el primer intento de institucionalizar esta disciplina tuvo lugar en 1992, aunque esto provocó conflictos con los profesionales de la pedagogía y la psicología.