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En tiempos antiguos, las enfermedades se atribuían a fuerzas sobrenaturales como espíritus malignos o demonios. Los tratamientos incluían magia, hechicería y rituales realizados por chamanes. Un ejemplo de estas prácticas son los cráneos perforados, usada para liberar demonios. En la agricultura, existían creencias contra enfermedades. Según Orlob, los romanos precristianos realizaban rituales con animales alrededor de los cultivos para protegerlos.
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Las enfermedades eran vistas como castigos divinos por pecados o transgresiones. Se recurría a rezos, sacrificios y rituales para aplacar la ira de los dioses. Durante la peste negra, el papa pedía clemencia al cielo, y surgieron sectas de flagelantes.
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Las estrellas, planetas y la luna influían en la salud de las personas y las plantas. Se especuló que la pandemia de cólera asiático que se inició en 1817 tenía relación con las fases de la luna y que había sido el presagio de la esperada aparición del cometa Halley en 1835.
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La visión del mundo físico sostiene que todo, incluido el cuerpo humano, está compuesto por cuatro elementos (tierra, aire, fuego y agua) y sus cualidades (calor, frío, sequedad y humedad). Hipócrates y Galeno promovían la sangría como método para equilibrar los humores. En la India, se creía que el viento, la bilis y la flema causaban enfermedades en las plantas, estas enfermedades se clasificaban en internas (por bilis y flema) y externas (por ambiente e insectos).
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Se creía que las enfermedades eran causadas por miasmas, vapores tóxicos provenientes de materia en descomposición, agravados por la falta de alcantarillado y gestión de residuos. La malaria, se atribuía a los gases de los pantanos. La fiebre amarilla también se consideraba miasmática, pero el médico cubano Carlos Finlay propuso que su propagación estaba relacionada con álcalis volátiles como el amoníaco y, de forma visionaria, señaló al mosquito como transmisor.
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Las enfermedades son causadas por microorganismos específicos. Louis Pasteur y Robert Koch demostraron experimentalmente esta teoría. Koch formuló postulados para establecer la relación entre microbios y enfermedades.
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Investigadores previos, como Isaac-Bénédict Prévost, demostraron experimentalmente que hongos causaban enfermedades en plantas. En 1728, Duhamel du Monceau aisló un hongo que causaba la muerte del azafrán.
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Galeno distinguió entre causas iniciales (factores ambientales) y antecedentes (predisposición del cuerpo). En Fitopatología, se clasificaron causas como predisponentes (constitución del hospedero) y determinativas (agentes externos e internos).