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Esta medicina religiosa, también llamada teoría punitiva, atribuye las enfermedades a castigos divinos por pecados o transgresiones. Las enfermedades como la sífilis y la lepra se asociaban con pecados o castigos, y se recurría a rituales, rezos y ofrendas para apaciguar a los dioses.
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Tanto en humanos como en plantas, las enfermedades infecciosas resultan de una cadena factorial potencialmente infinita, donde diversos factores, como los microorganismos, factores ambientales y características del hospedero, interactúan para producir la enfermedad.
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En diferentes culturas y épocas, la superstición, la magia y la hechicería se han considerado los primeros modelos de explicación para la enfermedad. Estas creencias atribuyen la enfermedad a fuerzas intangibles y misteriosas, como espíritus malévolos, y la terapia se basaba en el poder de curanderos y chamanes.
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Estos estudios demostraron que el protocolo experimental de Koch no era aplicable a los virus debido a que son parásitos obligados, lo que llevó a la conclusión de que el cultivo en medios artificiales de laboratorio no era un criterio absoluto para determinar la causalidad de una enfermedad infecciosa
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La doctrina hipocrática, que rompió con la concepción divina de la enfermedad, se basaba en los cuatro elementos y los cuatro humores.
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Se creía que cualquier mal olor era sinónimo de enfermedad, y se atribuían enfermedades como la malaria y el cólera a estos miasmas. En el siglo XIX, la fiebre amarilla también fue considerada una enfermedad miasmática, y se pensaba que los gases cloacales eran venenosos y causaban enfermedades si no se instalaban filtros y sustancias germicidas en los baños.
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La teoría astral sugiere que las estrellas y planetas influyen en el comportamiento de las personas y las plantas, dándole importancia a la luna por sus efectos gravitacionales. Durante el Medioevo, se especulaba que la conjunción de ciertos planetas causaba enfermedades como la peste negra y el cólera asiático.
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La teoría del germen, desarrollada por Louis Pasteur y Robert Koch, marcó un hito en el entendimiento de las enfermedades al fundamentarse en la observación experimental. Pasteur, a partir de sus investigaciones sobre la fermentación y el gusano de seda, identificó la presencia de microorganismos en los gusanos muertos, lo que sugirió la conexión entre los microbios y la enfermedad