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En diciembre de 1946 fue ordenado sacerdote y sirvió en varias áreas rurales de Guatemala, como Jalapa, San Pedro Sacatepéquez y Palencia, así como en la región de la ciudad capital.
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En 1967 fue electo obispo de la diócesis de Verapaz, lugar marcado por la pobreza y la exclusión social de los indígenas, residiendo en la ciudad de Cobán, la tercera del país
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fue trasladado en 1974 a la diócesis de El Quiché
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Sería durante el episcopado en Quiché que el clérigo recibiría múltiples amenazas de muerte y atentados contra su vida. Ante la gravedad de las amenazas y los asesinatos de sacerdotes en la zona, decidió trasladarse a la ciudad de Guatemala, llegándose a considerar la clausura temporal de la diócesis.
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Monseñor Juan José Gerardi Conedera, Obispo Auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala, fue asesinado el 26 de abril de 1996
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el 26 de abril se cumplen 15 años de su muerte