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Osvaldo Gonçalves Cruz nasceu em São Luiz de Paraitinga, São Paulo. Filho de Bento Gonçalves Cruz, médico carioca, e de Amélia Bulhões da Cruz,
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Em 1877 mudou-se com a família para o Rio de Janeiro e começou a estudar no Colégio Laure, depois no São Pedro de Alcântara e no Abílio. Ingressou ainda no Externato Dom Pedro II, onde fez os preparatórios para medicina.
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Com 15 anos, ingressou na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, e seu fascínio era pelo microscópio.
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Ainda estudante, publicou dois trabalhos pioneiros sobre microbiologia, um ramo novo da medicina.
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Depois de se formar, Osvaldo Cruz começou a trabalhar no Laboratório de bacteriologia na Cadeira de Higiene da Faculdade de Medicina. Após a morte do pai, acumulou a chefia da clínica paterna. e em 24 de dezembro defendeu sua tese com o tema "Veiculação Microbiana pelas águas do Rio de Janeiro".
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Aos 21 anos casa-se com Emília da Fonseca, com quem teve seis filhos.
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Vai para Paris, para trabalhar com Olhier e Vilbert, especialistas em medicina legal, mas seu interesse por microbiologia o levou a estagiar no Instituto Pasteur sob a direção de Émile Roux, descobridor do soro antidiftérico.
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Ao voltar ao Brasil, logo foi encarregado pela diretoria do Instituto de Higiene de debelar o surto de peste bubônica que assolava o porto de Santos.
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Osvaldo Cruz assumiu a direção geral do Instituto Manguinhos e logo começou a ampliação e o transformou em um centro de pesquisas e experimentos científicos, permitindo a formação de especialistas em moléstias tropicais.
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Exterminar a febre amarela que rondava os portos e as cidades do litoral, foi a primeira medida de Osvaldo Cruz, que conhecia as experiências desenvolvidas pelo médico cubano, Finlay, que apontava como transmissor da febre o mosquito rajado que proliferava nas águas estagnadas.
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Osvaldo Cruz foi indicado para Diretor da Saúde Pública, pelo presidente Rodrigues Alves e tomou posse.
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Como viram que a doença estava vindo com os imigrantes, Osvaldo Cruz determinou que os agentes sanitários começassem a vacinação em massa da população.
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Uma nova epidemia de varíola assolou o Rio. A partir de então, a vacinação passou a acontecer com mais calma. Nesse mesmo ano, o Instituto soroterápico recebeu o nome de Instituto Osvaldo Cruz.
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Osvaldo Cruz faleceu de insuficiência renal, em Petrópolis, no Estado do Rio de Janeiro.