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Luego de arduas negociaciones con la Asociación Central de Fútbol, José Segura y Luis Villavicencio, ayudados por la Municpalidad de Puerto Montt, decidieron llevar adelante la idea de crear el club de fútbol que representara a la ciudad.
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Deportes Puerto Montt consigue el subcampeonato de la Primera B y consigue así, por primera vez en su historia el ascenso al fútbol de honor. Victor Cancino y Walter Otta, históricos de ese equipo.
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Gol de Chilena - Puerto Montt 2002 El único título que ha logrado Deportes Puerto Montt en su historia fue el de la Primera B. Se impuso a 16 equipos aquel año, y consiguió volver a la serie de honor.
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La mejor campaña en la historia de Puerto Montt culminó con el cuadro "Salmonero" entre los tres mejores del torneo local, pero eliminados en cuartos de final en los Play Off's.
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El peor momento en la historia del club se consumó con el descenso a la Segunda División Profesional. Luego de campañas discretas en la Primera B, y la suma de malas desiciones administrativas, el club desciende.
