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O antigo Colégio dos Órfãos de São Pedro transforma-se em Seminário de São Joaquim, ganhando novas instalações: o prédio ao lado da Igreja de São Joaquim, no centro da cidade do Rio de Janeiro, onde até hoje se encontra o campus Centro.
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Com a reorganização do Seminário de São Joaquim, o ministro Bernardo Pereira de Vasconcelos inaugura a instituição Imperial Colégio de Pedro II no dia do aniversário do imperador.
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A criação do Imperial Colégio de Pedro II foi oficializada através de decreto imperial. As aulas começariam em março do ano seguinte.
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O colégio foi dividido em Internato e Externato para fazer um melhor gerenciamento do quantitativo de alunos. Inicialmente, o Internato funcionou no antigo bairro do Engenho Velho, na Rua São Francisco Xavier - atual Tijuca.
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Com a Proclamação da República, o nome da instituição foi alterado para Instituto Nacional de Instrução Secundária e, logo em seguida, para Ginásio Nacional. Suas instalações foram transferidas para o Campo de São Cristóvão, onde até hoje se localizam os campi São Cristóvão I, II e III e a Reitoria.
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O Ministro Rivadávia Corrêa retomou o nome original da escola - Colégio Pedro II. Na mesma data, aprovou um novo Regulamento, estabelecendo a divisão em duas seções, Externato e Internato, com um único Diretor.
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O Colégio dá a sua primeira permissão para o ingresso de estudantes do sexo feminino.
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Devido à grande quantidade de inscrições nos concursos de acesso, o colégio passou por uma primeira fase de expansão. Foram inauguradas as Seções Norte (atual Campus Engenho Novo II) e Sul (atual Campus Humaitá II), ambas subordinadas à Direção do Externato.
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Com um grande número de candidatos aptos para entrar na escola no concurso de 1957, não havia vagas suficientes. O presidente Juscelino Kubitschek autorizou o aluguel do Colégio Felisberto de Menezes, para absorver os excedentes como alunos do Anexo Tijuca.
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O Colégio foi transformado em autarquia federal do Ministério da Educação (MEC) e passou a ter autonomia.
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O Colégio organizou o primeiro concurso público de ingresso de professores para criação das unidades voltadas para os anos iniciais do Ensino Fundamental - os chamados "Pedrinhos". Surge primeiro em São Cristóvão, depois no Humaitá, Engenho Novo e Tijuca.
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Foi criada a primeira Unidade Descentralizada do Colégio Pedro II, em parceria com a prefeitura de Niterói. Somente em 2016 o campus ganharia as instalações próprias permanentes.
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Em salas cedidas pelo Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Rio de Janeiro, iniciaram-se as atividades da segunda Unidade Escolar Descentralizada do Colégio Pedro II, a de Duque de Caxias. Sua sede definitiva foi inaugurada em 13 de dezembro de 2012.
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Em outro ciclo de expansão, dessa vez para Zona Oeste, foi inaugurado o campus Realengo I, voltado para os anos iniciais do Ensino Fundamental. A completa recuperação da área, para instalação de todas as unidades, acabou dem 2 de dezembro de 2014.
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Foi realizada a inauguração da Unidade de Educação Infantil – hoje Centro de Referência em Educação Infantil, nas instalações de Realengo.
