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Los sofistas Gorgias y Protágoras cuestionaron la posibilidad de un conocimiento objetivo y fiable. Gorgias sostuvo que nada puede ser conocido con certeza, y Protágoras afirmó que cada individuo es el único juez de su propia experiencia, haciendo que ninguna opinión sea más correcta que otra.
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Para contradecir a los sofistas, Platón planteó que existe un mundo formado por ideas o formas perfectas que no se pueden ver. Según él, el conocimiento auténtico solo se alcanza mediante el pensamiento racional, como el que se usa en la filosofía y las matemáticas, porque lo que percibimos con los sentidos son solo imitaciones imperfectas de esas formas ideales.
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Aunque Aristóteles también valoraba el conocimiento abstracto, no coincidía con Platón en su forma de obtenerlo. Él creía que la mayoría del conocimiento proviene de la experiencia, ya sea observando directamente y extrayendo las características de las cosas, o razonando lógicamente a partir de información que ya se posee.
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Estuvieron de acuerdo con Aristóteles en que el conocimiento surge de la percepción, pero a diferencia de él y de Platón, pensaban que la filosofía debía servir como una orientación para vivir mejor, y no como un propósito en sí misma.
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Este filósofo escolástico contribuyó a recuperar la confianza en la razón y en la experiencia, al unir el pensamiento racional con la fe. Al igual que Aristóteles, consideraba que el conocimiento comienza con la percepción y que la lógica es el camino para alcanzar una comprensión confiable de la naturaleza.
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Fueron los precursores de la ciencia moderna y sostenían que el propósito de la ciencia debía centrarse en lo particular, es decir, en aquello que es real y puede conocerse de manera directa a través de la experiencia.
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Representa el comienzo de una nueva etapa caracterizada por una visión distinta de la naturaleza, conocida como "iatroquímica", que buscaba explicar los procesos naturales mediante principios químicos y su relación con la medicina.
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En esta etapa se establecen las bases de la ciencia moderna, incorporando el método cuantitativo propuesto por Galileo, la actitud empírica impulsada por Bacon y la lógica intuitiva desarrollada por Descartes.
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Se fomenta la libertad en la investigación científica, destacando el empirismo inglés y las contribuciones de físicos holandeses como Boerhaave.
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Predominó en la medicina científica, aunque su enfoque determinista era tan estricto que no tomaba en cuenta los factores aleatorios.
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En las ciencias naturales y la medicina, el conocimiento se construye a partir de hechos y preguntas concretas, más que de leyes generales. La epistemología moderna refuerza la idea de que los datos experimentales siempre se interpretan dentro de un contexto, y que la investigación científica sigue planteando interrogantes filosóficos sobre la existencia y la esencia de las cosas.