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En Mesopotamia y otras civilizaciones las huellas se utilizaban como sello personal en documentos y pinturas con sellos de arcilla. Sin embargo, en ese entonces se desconocía la identificación de personas, sólo marcaban propiedad.
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Nehemiah Grew. Primero en descubrir y documentar las huellas dactilares de manera científica. En su obra "The Anatomy of the Human Body", señaló que las huellas de los dedos son únicas en cada persona, aunque no entendía completamente su utilidad parar la identificación.
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Johann Christoph Andreas Mayer observó que las huellas dactilares eran únicas en cada individuo y no cambiaban durante la vida. Ésta fue una las primeras indicaciones de que las huellas dactilares podrían usarse para la identificación personal.
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Henry Faulds propuso la idea de que las huellas dactilares podían utilizarse para identificar a las personas. Faulds sugirió que las huellas podrían ser utilizadas para resolver crímenes, aunque su propuesta no fue muy popular en ese momento.
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William Herschel comenzó a utilizar las huellas dactilares para firmar documentos de contratos y acuerdos, como una medida de autenticidad. A lo largo de los años, sus experimento llevaron a su uso registros legales.
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Alphonse Bertillon desarrolló el primer sistema sistemático de identificación de personas basado en características físicas, pero las huellas dactilares aún no eran parte de este sistema. Sin embargo, Bertillon fue pionero en la idea de la identificación de personas a través de sus características físicas.
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Juan Vucetich y Francis Galton desarrollaron métodos sistemáticos para usar las huellas dactilares en la identificación criminal. Vucetich, además, fue el primero en resolver un caso criminal utilizando huellas dactilares, lo que lo consolidó como un pionero en la criminalística.
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Inglaterra implementó el primer sistema de identificación de huellas dactilares en la Oficina de Policía Metropolitana de Londres utilizando un método desarrollado por Edward Henry. El "Sistema Henry" fue adoptado por otras fuerzas policiales y sigue siendo la base de los sistemas de clasificación actuales.
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El FBI de EE.UU. estableció un sistema nacional de huellas dactilares, lo que permitió la identificación de personas a nivel federal. En este momento, las huellas dactilares comenzaron a ser utilizadas a gran escala para la identificación criminal.
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Se comenzaron a utilizar tecnologías electrónicas para almacenar y comparar huellas dactilares, haciendo más eficiente su uso en la criminalística y en otros campos, como la seguridad.
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Las huellas dactilares siguen siendo una herramienta clave en el sistema de identificación, y con la llegada de la biometría, su uso se ha expandido a la seguridad personal, como los sistemas de desbloqueo de teléfonos, las tarjetas de identificación y el control de acceso en aeropuertos.