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La acción armada inició el 20 de octubre de 1944, tras 16 horas de combate, fue derrocado el gobierno de Federico Ponce Vaides. El primer rector electo democráticamente fue el Dr. Carlos Martínez Durán, quien emprendió gestiones que dieron vida a una prolífica trayectoria cultural y académica.
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El colegio de San Vicente de Paul se transformó en la escuela de Medicina y Farmacia.
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Se graduó el primer bachiller en medicina en la Universidad de San Carlos en la facultad de ciencias Médicas, fue Vicente González.
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El Doctor Miguel Fernández de origen español, inicia la catedra prima como el primer catedrático propietario de ella. En esa época la carrera duraba 4 años.
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Se inaguran los estudios de medicina en la Universidad San Carlos de Guatemala, 5 años después de su fundación.
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Un terremoto fuerte en la Ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala, destruye la ciudad universitaria.
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En esta fecha una real cédula donó el nuevo sitio para la Universidad de San Carlos de Guatemala.
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Se ordenó la construcción del edificio que finalizó en 1851 y el constructor fue Francisco Castillo.
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Por decreto constitucional, se constituye como facultad de ciencias médicas.
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Se fundó el colegio San Vicente Paul.
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El colegio San Vicente de Paul fue expropiado y consolidado por Justo Rufino Barrios que fundó ahí la primera escuela normal.
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Juan José Arévalo otorga la autonomía a la Universidad de San Carlos de Guatemala y el derecho de todos sus bienes.
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Se traslada a la ciudad universitaria en zona 12 de la ciudad de Guatemala y ahí permanece por 26 años.
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Un nuevo y último traslado al Centro Universitario Metropolitano (CUM) en zona 11 de la ciudad de Guatemala.