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El capitán Pedro Crespo Suárez junto al obispo Francisco Marroquín hicieron una petición ante el Rey Carlos I con el objetivo de fundar una institución de educación superior, una universidad en la Ciudad de Santiago de Guatemala.
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Fallece el obispo Francisco Marroquín, el primer obispo de Guatemala, quien lucho por la libertad de los indígenas en Guatemala, educó a los nativos y respetó los derechos de las persona. Al morir dejó un testamento delegando que su herencia serviría para fundar un "Colegio de Artes, Teología y otras ciencias”.
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El propósito del obispo Francisco Marroquín era que se fundara un colegio donde se impartiera la Facultad de Filosofía (Artes), Teología y otras ciencias. El deseo del obispo Francisco Marroquín se cumple ya que se funda el Colegio Mayor de Santo Tomás de Aquino.
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El obispo Payo Enríquez de Rivera, envía un informe al Rey Carlos II donde solicitaban fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala porque era evidente que los jóvenes recibieran una educación superior y para suplir con las necesidades de la población guatemalteca.
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Se recibe una Cédula Real donde disponía de celebrar una junta en la ciudad de Santiago para analizar la situación sobre la fundación de una universidad, dicha junta estaba formada por autoridades civiles y religiosos de la ciudad.
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Llega la Cédula Real a la ciudad de Santiago de Guatemala, haciendo referencia al obispo Francisco Marroquín y el capitán Pedro Crespo Suárez quienes tuvieron la iniciativa de fundar una universidad para el estudio superior de los jóvenes. La cede física se estableció en el territorio donde fue fundado el Colegio Mayor de Santo Tomás de Aquino (hoy llamado, Museo de Arte Colonial de la Ciudad de Antigua Guatemala).
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Las instalaciones de la universidad se dividen en tres de los colegios de mayor prestigio en ciudad de Santiago de Guatemala. Se autorizan siete cátedras: Teología Escolástica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos cátedras de Lenguas. Se otorgó los grados de bachiller, licenciado, maestro y doctorado.
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Se inaugura los estudios de medicina en la Universidad de San Carlos de Guatemala. La Inicial catedra prima fue realizada por el bachiller Nicolás de Souza asignándole Q.200.00 de salario anual, al principio tuvo dos discípulos.
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El papa Inocencio XI emite una Bula respaldando la creación de la universidad y se le da la categoría internacional, asignándole el nombre oficial como "Real y Pontificia Universidad de San Carlos". El nombre hace honor a San Carlos Borromeo, cardenal y obispo de Milán (1538-1584) quien promovió la música religiosa, su existencia fue cargada de buenas obras y un aumento en el espíritu de la vida cristiana.
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El Doctor Miguel Fernández fue reconocido como el primer catedrático propio de ella, la carrera universitaria duraba cuatro años y se obtenía el título de bachiller en medicina.
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Se graduó el primer bachiller en medicina en la Universidad San Carlos de Guatemala "Don Vicente Ferrer Gonzáles" quien continuó el estudio universitario y obtuvo un doctorado el 17 de septiembre de 1717.
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Ocurre un terremoto en la ciudad de Santiago de los Caballeros en Guatemala por lo que se decide trasladar la universidad de la capital del Reino de Guatemala a la Nueva Guatemala de la Asunción.
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Una Real Cédula dona un nuevo territorio para la universidad en la décima calle y novena avenida de la zona 1 de la ciudad de Guatemala.
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Se modifican los Estatutos de la universidad con la independencia de la Provincia de Centro América y la creación de la República de Guatemala. Los estudiantes participaron en la independencia de Guatemala en 1821, el representante fue José Cecilio del Valle quien contribuyó con la redacción del acta de independencia del país.
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Durante el gobierno liberal del Dr. Mariano Gálvez se suprime la institución "universidad" estableciéndose como "Academia de estudios" con el fin de una educación laica y se inspiraba en el liberalismo.
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El jefe del estado de Guatemala, Mariano Rivera Paz, elimina la "Academia de Estudios" y se le devuelve el nombre de "Universidad de Guatemala", se restituye el poder de la iglesia católica sobre las cátedras impartidas.
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Por decreto constitucional se constituye como Facultad de Ciencias Médicas, carrera que consta de seis años divididos en cuatro años de teoría y dos años de práctica hospitalaria.
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Durante el gobierno conservador de Rafael Carrera se le llamo "Pontificia y Real Universidad de San Carlos de Borromeo" debido a que la iglesia católica reconocía como patronos de la universidad a San Carlos de Borromeo y a Santa Teresa de Jesús.
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A la "Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo" se le cambia el nombre por "Universidad de Guatemala" debido al inicio de la Reforma Liberal durante el gobierno liberal de Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios.
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Se crea un nuevo ente de gobierno de la universidad "El consejo Superior Universitario" pero cualquier consulta se tenía que notificar al jefe del Estado ya que la universidad pasa a ser dependencia del gobierno.
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La universidad otorga los grados de licenciatura y doctorado, eliminando el bachillerato de la universidad. La universidad estaba integrada por las Facultades de Derecho y Notariado, Facultad de Medicina y Farmacia, Facultad de Ingeniería, Facultad de filosofía y letras.
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El edificio que fue construido y fundado como la primera escuela normal por Justo Rufino Barrios, dicho edificio se transfiere a la escuela de Medicina y Farmacia de la Universidad San Carlos. La escuela de Medicina y Farmacia contaba con seis salones de clases, cuatro gabinetes, un anfiteatro, un salón de redacción del periódico y una biblioteca.
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Se fundó a iniciativa del decano de la sociedad guatemalteca "La Juventud Médica".
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El Instituto Dental según el decreto presidencial 203 pasa a ser dependencia de la escuela de Medicina y Farmacia. El Dr. Juan José Ortega fue un reformador de la enseñanza médica y por ello es justo reconocerlo.
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Toma posesión de presidencia de la República de Guatemala, Manuel Estrada Cabrera, surge el movimiento estudiantil de la universidad. Nace la Huelga de Dolores. La Universidad cambia su nombre a Universidad Nacional “Estrada Cabrera”, a través de nuevos estatutos que son aprobados el 24 de diciembre de 1918.
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El periódico que nace en la Facultad de Medicina "No nos tientes", el objetivo de este medio de protesta era rechazar, denunciar y demostrar su inconformidad con el gobierno de Guatemala.
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El enojo de la naturaleza provocó nuevos terremotos. El edificio donde se alojaba medicina en la décima calle y novena avenida de la zona 1 de la Ciudad de Guatemala estaba en ruinas. Por lo tanto la Facultad de Medicina se traslada al convento de Santa Catarina de Mártir, allí permaneció del año 1917 a 1921. Lamentablemente un incendio destruye el edificio.
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Luego de la caída de Estrada Cabrera, surge la Asociación del Derecho, Juventud Médica y la Asociación de Estudiantes Universitarios. La universidad logró la autonomía de sus facultades lo que permitió a cada facultad elegir sus autoridades. La universidad vuelve a utilizar el nombre de Universidad Nacional.
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Se reestablece la Huelga de Dolores. Hernán Martínez Sobral pinta a la “Chabela”, José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle Calvo y Miguel Ángel Asturias componen la “Chalana”. José Castañeda crea la música. La "Chabela" se convierte en el primer símbolo estudiantil femenino.
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El nuevo traslado de la Facultad de Medicina se ubicó en la calle de Belasco, 12 calle, propiedad del Dr. José A., allí permanece la Facultad de Medicina entre 1921-1931.
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Bajo el gobierno de Lázaro Chacón, la universidad recobra su nombre original: "Universidad de San Carlos de Guatemala".
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Con la llegada del general Jorge Ubico a la presidencia de Guatemala emite una ley constitutiva de la universidad y así se suprime de nuevo la autonomía de la universidad.
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Se dio una serie de manifestaciones, en la cual una de las fuerzas del régimen Ubiquista dieron muerte a la maestra María Chinchilla lo que desencadena el derrocamiento de esa dictadura. Surge una Junta Revolucionaria que emite el Decreto No. 12, en donde se establece “la Autonomía de la Universidad”.
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Se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad, por el Congreso de la República. Se elige al primer Rector Dr. Carlos Martínez Durán, quien tomo la iniciativa de comprar los terrenos en donde se construyó el actual campus central.
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La Facultad de Ciencias Médicas se traslada a la Ciudad Universitaria ubicada en la zona 12 de la Capital de Guatemala y ahí permanece la Facultad de Ciencias Médicas por 26 años.
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El inmueble que albergó durante 81 años a los estudiantes de medicina, farmacia y dental es destinado como sede de lo que hoy es el Centro Cultural Universitario por acuerdo de rectoría número 9,163.
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La facultad de Ciencias Médicas se traslada a las instalaciones del Centro Universitario Metropolitano ubicado en la zona 11 de la Ciudad de Guatemala.
