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Pedro de Ursúa y el capitán Ortún Velázquez de Velasco fundaron la ciudad el 1 de noviembre del año 1549 y la bautizaron con el nombre de Pamplona de Indias, en homenaje y memoria de la patria del fundador
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La ermita del Señor del Humilladero data de los primeros años después de la fundación, fue en sus inicios sencilla, pequeña y cubierta de paja, enriquecida paulatinamente por sus fieles. De 1605 a 1613 se realizaron los trabajos de albañilería que la convertiría en una iglesia amplia y digna para albergar una de las joyas más valiosas y veneradas por el pueblo pamplonés: la talla del “Santo Cristo del Humilladero” o "Señor del Humilladero", obra Renacentista Europea.
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Hacia el año de 1622, el Padre Provincial de los Jesuitas a su paso por Pamplona prometió que se les edificaría un colegio en la ciudad. El padre cumplió su promesa con fidelidad y poco tiempo después se abría el colegio en una casa, pobre e incómoda, que pronto fue reemplazada por otra mejor y eso de un modo manifiestamente providencial (...)
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El 16 de enero de 1644 hacia las cinco de la mañana la ciudad fue devastada por un terrible terremoto, tras lo cual y bajo la dirección de los hermanos jesuitas, la ciudad de Pamplona se levantó de nuevo.
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En 1767, perdió Pamplona, con la expulsión de estos religiosos, su tan afamado colegio". Durante 145 años, trabajaron los Jesuitas en su prestigioso colegio de Pamplona. En el momento de la expulsión laboraban en él, once sacerdotes de dicha comunidad.
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Su construcción se remonta a la segunda mitad del siglo XVI, se celebraron en ella hechos históricos en diferente época; uno de ellos fueron las reuniones previas al golpe o grito de independencia del 4 de julio de 1810.
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Después de la Conquista, se inició la fundación de colegios e instituciones educativas. El Seminario, centro cultural por excelencia, fue fundado en 1816 por el Obispo de Mérida, Monseñor Rafael Lasso de la Vega
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Posteriormente en 1823, se inició la educación pública en Pamplona, cuando el Vicepresidente de laRepública, General Francisco de Paula Santander, aprobó oficialmente la Casa de Estudios que fundó, y quehoy se conoce como el Colegio Provincial San José.
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El Padre José Rafael Fará nació en Pamplona el 13 de junio de 1896. Hijo de Don Joaquín V. Faría Romero y Doña María Bermúdez Villasmil.
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El historiador Alberto Peralta C., en 1932, decía que era su deseo que Pamplona se convirtiera en CentroUniversitario, porque para ello, esta ciudad y su territorio poseían los elementos básicos para una organización de esta magnitud.
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En este año vende el “Colegio del Norte” a los hermanos Carmelitas, se dice que por una suma de $ 420.000
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Universidad de Pamplona fundada el 23 de noviembre de 1960 por el Presbitero José Rafael Faría Bermúdez
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Gobernó durante los años de 1960 hasta el 11 de diciembre de 1974 El 1 de enero de 1963, con retroactividad al 1 de febrero de 1961, se nombró como primer rector de la universidad de Pamplona al Padre José Rafael Antonio Faría Bermúdez, fundador de la Institución.
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Este dia inician las clases en la universidad de Pamplona
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En 1970 fue convertida en Universidad Pública del orden departamental, mediante el decreto No 0553 del 5 de Agosto de 1970 y en 1971 el Ministerio de Educación Nacional la facultó para otorgar títulos profesionales según Decreto No. 1550 del 13 de Agosto
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Gobernó en dos períodos, el primero ante la renuncia del Padre Faría entre 1974 a 1978 y el segundo de 1988 a 1991. Cofundador de la Universidad y hombre de confianza del Padre Faría fue su secretario privado.
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Gobernó en dos períodos, el primero entre 1978 a 1979 y el segundo de 1981 a 1982
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El 17 de diciembre de 1979, a las 10:30 p.m., habiendo llegado a sus 83 años de edad, podemos decir que con la satisfacción del deber cumplido.
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Gobernó en dos períodos, el primero entre 1979 a 1980 y el segundo de 1992 a 1993
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Período comprendido entre 1980 a 1981
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Dirigió la Institución en dos períodos, el primero entre 1981 hasta 1984 y el segundo entre
1993 hasta 1994 -
Rector durante los años de 1984 a 1988
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Período comprendido entre 1991 a 1992
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Rector durante los años de 1994 a 1997
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Período comprendido entre 1997 a 1998
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Asumió la rectoría el 18 de diciembre de 1998 hasta la 5 de Diciembre de 2007
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Entre las sedes de extensión de nuestra universidad de pamplona está la Ciudad Universitaria de la Frontera ubicada en la histórica ciudad de Villa de Rosario, la cual fue fundada en el segundo semestre del año de 2003. El Dr. ALVARO GONZALES JOVES fundador de la sede y Ex Rector de la Universidad, dio inicio a un nuevo plantel educativo esperanzado en el fortalecimiento institucional y académico.
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Asumió la rectoría desde el 16 de diciembre de 2007 hasta el día 31 de diciembre de 2008.
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Su periodo rectoral comprendió entre el 1 de enero de 2009 y el 31 de diciembre de 2012.
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Asume la rectoría el 1º de enero de 2013, y su periodo se desarrollará hasta el 31 de diciembre de 2016.
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Al año 2015, se está realizando la construcción del restaurante estudiantil, la cubierta de la cancha multifuncional y el cerramiento de la piscina, adecuándonos a las exigencias de la normatividad vigente.
