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el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistlán. En agosto de 1533 la villa se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán
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Tras la gran batalla del 28 de septiembre de 1541, y al grito de ¡El Rey es mi gallo! Ignorando a Beltrán de Guzmán, al fin Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac a mediados de febrero de 1542. Ya para entonces el emperador Carlos V, la había elevado al rango de ciudad y le otorgaba un escudo de armas con los leones
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el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos. En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista, para reforzar la educación impartida por los jesuitas.
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El obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara
El abogado Matías Ángel de la Mota Padilla, quien en 1750 logró involucrar en el proyecto al Ayuntamiento de Guadalajara, corporación que continuó las gestiones hasta el final. -
se clausuraron los Colegios de Santo Tomás y de San Juan. Entre los clérigos expulsados iba el célebre humanista Francisco Javier Clavigero, quien venía realizando una profunda modernización de los estudios filosófico.
En Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad. -
En el monasterio de San Lorenzo del Escorial, el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad, la cual en su parte medular dice: “El Rey […] he resuelto que se erija y establezca Universidad en esa Ciudad y que se le aplique solamente el edificio del Colegio de Santo Tomás.
Se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. -
el 3 de noviembre de 1792, se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación, se recibió el juramento de las autoridades y catedráticos fundadores y el doctor José Ángel de la Sierra, pronunció una emotiva oración latina.