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Es un término que acuñó el botánico alemán Antón de Bary para referirse, en forma literal, a la "vida en comunidad de dos organismos de nombres diferentes”.
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Según la hipótesis endosimbiótica (hoy en día tan fundamentada en datos que ya se le reconoce el rango de teoría), fue formulada inicialmente por Andreas Franz Wilhelm Schimper en 1883
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La mayoría de las innovaciones evolutivas fueron y son producto de la simbiogénesis, un término y un concepto propuesto por el biólogo ruso Konstantin Merezhkhosvky.
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Merezhkovski, junto con Wallin, fueron los predecesores más importantes para Lynn Margulis, conformaron el bagaje empírico y teórico que le ayudó a configurar su “Teoría Endosimbiótica”.
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El botánico ruso Boris Kozo-Polyansky fue el primero en explicar la teoría en términos de evolución darwiniana . En su libro de 1924 "El nuevo principio de la biología".
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El microorganismo Cyanophora paradoxa alberga en su célula estructuras fotosintéticas -semejantes a cianobacterias esféricas-, y comparte con las células hospedadoras algunas de sus moléculas de alimento producidas por fotosíntesis.
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La idea es que se pudieron haber convertido en los precursores de los cloroplastos, con lo que habrían dado origen a nuevas células eucarióticas fotosintéticas
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Solo otras mitocondrias generan a las mitocondrias, que se dividen dentro e la célula.
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El de estos se pudo haber dado a partir de la simbiosis entre algunas células eucarióticas primitivas y bacterias móviles del tipo espirilo (bacterias espiroquetas) de vida libre. El descubrimiento de que los centriolos poseen una pequeña cantidad de ADN apoya esta hipótesis, porque se ha interpretado que ese ADN sería una parte del que originalmente poseía la bacteria simbiótica.
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Una hipótesis es que, el núcleo surgió como resultado de la endosimbiosis. Otra posibilidad es que la membrana plasmática de la bacteria se invaginó, rodeando el ADN, lo que habría creado la envoltura nuclear.
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La teoría de Lynn Margulis básicamente dice que las actuales células eucarióticas descienden de células a las que se fusionaron bacterias por simbiosis sucesivas, dotándolas de funciones nuevas y provechosas. Con la evolución,
esa simbiosis se convirtió en una integración de un organismo en otro.