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Creada por el licenciado Francisco Marroquin, cuando aun no era obispo, dirigida a niños hijos de españoles (criollos) excluyendo a los hijos de caciques, mestizos e indios. En la ciudad de Santiago de los caballeros, utilizando la metodología dogmática. Con el fin de preparar a los miembros de la aristocracia y el clero que asistirían a los colegios conventuales y que en un futuro tomarían puestos políticos.
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Acuerdo entre el obispo Francisco Marroquin y el convento de Santo Domingo para la fundación de un colegio, para los hijos de españoles pobres en la cual se enseñarían lecciones de artes y filosofía, teología, gramática y canones de ser posible.
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Se daban clases de teología escolástica, cánones y teología moral, recibían algunas enseñanzas de la orden franciscana, tenían adjunto el colegio San Buena Ventura, fundado en el siglo XVI para los jóvenes seglares.
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Suministraba protección y educación a las doncellas pobres, atendía a hijas de los conquistadores e indígenas, se atendía ademas a mujeres y niñas que deseaban aprender a leer, escribir, coser y la doctrina cristiana.
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Anterior mente existía la cátedra de teología desde septiembre de 1595 dada en la capilla de san Pedro de la catedral utilizando la metodología catedralicia. Gozo de autorización para dar grados (títulos universitarios) durante los siglos XVII y XVIII sin pasar por aulas universitarias Las asignaturas que se impartían eran: Gramática tratados de sacramento y casos de conciencia.
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Pertenecía a la compañía de Jesús (Jesuitas), inicialmente funcionaban 2 cátedras de gramática abarcando también retorica, una de filosofía y dos de teología. Fue de suma importancia como centro cultural llegando a tener hasta 350 alumnos, también tuvo escuela de primeras letras, colegio clasista que únicamente educaba las élites de la Capitanía General de Guatemala.
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Inicialmente se dedico a la enseñanza de sus doctrinas pertenecientes a la orden religiosa dominica. Se le atribuye la autorización para otorgar títulos. Daba clases de humanidades, filosofía y teología.
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Se crea para cumplir el acuerdo de 1562, se daban 2 cátedras de teología, una de artes y 1 de cánones. Fue la base para la futura Universidad de San Carlos.
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Bajo la dirección de los Jesuitas su propósito servir a la educación media y superior, funciono también como universidad, otorgaba títulos académicos. Este atendía a los intereses de la corte.
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En esta fecha vinieron las primeras 6 monjas del pueblo de Santa Clara María Ventura. La educación de las mujeres, eran oficios como bordados, cocina, servicios domésticos, en un momento fue un deposito de mujeres que eran tratadas como locas y utilizado como una cárcel, enclaustradas a mujeres que iban en contra del sistema.
