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En 1970, surgieron las Fuerzas Populares de Liberación “Farabundo Martí” (FPL), una escisión del Partido Comunista Salvadoreño (fundado en 1930).
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En febrero de 1971, el “Grupo”, una organización formada por estudiantes universitarios, (antecedente del Ejército Revolucionario del Pueblo, ERP) secuestró y dio muerte al empresario Ernesto Regalado Dueñas, en la primera acción armada de un grupo de izquierda revolucionaria.
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En las elecciones del 20 de febrero de 1972, la oposición civil conformó la coalición denominada Unión Nacional Opositora (UNO) que presentó como candidato presidencial, al ex alcalde de San Salvador, José Napoleón Duarte. Luego de los comicios, el Consejo Central de Elecciones, declaró ganador al candidato oficial, Coronel Arturo Armando Molina. La UNO realizó denunciadas reiteradas sobre un fraude electoral de grandes proporciones.
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El 25 de marzo de 1972, en protesta por el fraude, un grupo de jóvenes militares trató fallidamente de dar un golpe de estado. El fracaso de la oposición electoral contribuyó a acelerar el proceso de radicalización social y a engrosar las filas de las recientemente fundadas organizaciones guerrilleras.
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Hubo asesinatos selectivos de maestros, dirigentes campesinos y sindicales y estudiantes universitarios y represión de manifestaciones públicas, como la disolución de una marcha estudiantil el 30 de julio de 1975 y la llamada matanza de las gradas de Catedral el 8 de mayo de 1979.
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En 1975 se constituyeron las Fuerzas Armadas de la Resistencia Nacional (FARN)
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En 1976 surgió el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos. Estos grupos armados mantuvieron una relación de cooperación con las organizaciones obreras, campesinas y estudiantiles (los llamados frentes de masas).
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En febrero de 1977, en un nuevo proceso electoral calificado como fraudulento fue elegido presidente el general Carlos Humberto Romero.
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A medida que el conflicto avanzaba, la guerrilla obtuvo apoyo indirecto y directo también de Cuba, y el pleno respaldo del régimen sandinista de Nicaragua, una vez en el poder, tras el derrocamiento de la dictadura somocista de Anastasio Somoza Debayle el 19 de julio de 1979 por la guerrilla marxista del Frente Sandinista de Liberación Nacional (FSLN).
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El 24 de marzo de 1980 el Arzobispo de San Salvador, Monseñor Oscar Arnulfo Romero, fue asesinado durante la celebración de una misa, en la capilla del hospital Divina Providencia, por un miembro de los escuadrones de la muerte. Él pedía la paz en su país y entablaba conversaciones con la guerrilla.
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El Partido Arena , fue fundado en los años 1980 por Roberto d’Aubuisson, quien fue mayor del ejército salvadoreño y ha sido acusado de ser fundador de los escuadrones de la muerte; además de ser señalado como autor intelectual de la muerte de Monseñor Oscar Arnulfo Romero en el Informe “De la Locura a la Esperanza”, de la Comisión de la Verdad para El Salvador, entidad que se formó con posterioridad a la finalización del conflicto, para investigar crímenes cometidos contra la población civil.
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El 19 de diciembre de 1979 se formó la Coordinadora Político Militar, integrada por las FPL, la RN y el PCS.
Fue fundado el 10 de octubre de 1980, como la alianza de las organizaciones político militares de izquierda: las Fuerzas Populares de Liberación “Farabundo Martí” (FPL), el Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP), la Resistencia Nacional (RN) y el Partido Comunista Salvadoreño (PCS). En diciembre del mismo año se sumó el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC). -
En dos oportunidades (1981 con la Ofensiva general de 1981, y en 1989, con la Ofensiva hasta el tope) el FMLN intentó conquistar la ciudad capital, San Salvador, y las cabeceras departamentales sin conseguirlo, pues la FAES rechazó el ataque de los guerrilleros que bajaron de las montañas que rodean a la capital
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El 16 de noviembre de 1989, en la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas, un escuadrón de la muerte asesinó a un grupo de 6 sacerdotes jesuitas españoles afines a la Teología de la liberación, ellos eran: Ignacio Ellacuría, Amando López, Juan Ramón Moreno, Ignacio Martín Baró, Segundo Montes y Joaquín López y López. La masacre causó una ola de indignación en el mundo entero y se redoblaron los llamados de la comunidad internacional para que ambos bandos iniciaran un diálogo
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En 1990 las dos partes aceptaron que la ONU oficiara de mediador en el conflicto y se iniciaron conversaciones a fin de encontrar una solución a la guerra.