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Pour éviter d'être mobilisé à 16 ans, va poursuivre ses études à Munich
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A 19 ans il est mobilisé dans la Kriegsmarine, marine de guerre allemande.
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Retour en Alsace après la Grande Guerre. Inscription à l'Université de Strasbourg, où CS étudie les antiquités de l'Alsace. Sous l'impulsion de Robert Forrer, il entreprend des fouilles dans les carrières d'Achnheim, de Lingolsheim et de Hangebieten dans le Bas-Rhin.
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Publie durant cette période d'importantes contributions à l'archéologie alsacienne (cf. Haches de pierre néolithiques du musée de Hagueneau).
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Etudie les objets trouvés de 1870 à 1895 par l'archéologue allemand Xavier Nessel dans les tumulus de la forêt de Haguenau. Publication des Tertres funéraires préhistoriques de la forêt de Haguenau (tomes I et II)
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Trouvailles faites par la famille Fradin au lieu-dit de Glozel : les fouilles menées par le Dr. Morlet et Salomon Reinach. Ramond Dussaud, lié à la famille Forrer, se dresse contre l'authenticité de ces objet. CS sera un anti-glozélien dans cette affaire, et fera paraitre près d'une vingtaine d'articles à ce sujet entre octobre 1927 et octobre 1928.
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Découverte fortuite du site par un paysan qui labourait son champs. Il dégage une dalle de pierre, qui marquait en réalité l'entrée d'une tombe appareillée.
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René Dussaud, conservateur des Antiquités Orientales au Louvre, reconnait dans les tessons syriens une provenance mycénienne et une origine préhellénique. Alerte l'Académie des Inscriptions et Belles Lettres sur la nécessité d'envoyer une mission pour explorer le site. Sur les conseils de Dussaud, la direction de la mission est proposée à CS.
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Sur l’impulsion de R. Dussaud, la mission s’intéresse « à un tell situé à moins d’un kilomètre à l’intérieur des terres, désigné comme Ras ech-Chamra »
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« Nous nous rendions à Minet-el-Beida, le 30 mars 1929, avec une caravane de 7 chameaux portant nos bagages, les routes et pistes étant à ce moment impraticables à l’auto. Nous profitions des journées de Pâques pour installer notre camp et pour prospecter le site, où nous avions bientôt recueilli sur un rayon de plusieurs kilomètres des traces d’occupation depuis l’âge néolithique (…) jusqu’à l’époque romaine ».
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Il assure d'abord la charge de secrétaire général, puis de vice-président de la commission des fouilles du ministère des affaires étrangères de 1940 à 1959.
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Promu capitaine de vaisseau, C.S est détaché en Angleterre, à Bletchley, au Nord-Ouest de Londres. C'est là qu’il se trouve lors de la rupture du front franco-anglais.
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Schaeffer enseigne la préhistoire européenne et l’archéologie nationale à l’École du Louvre de 1942 à 1954
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A Arslan Tépé il conduit quatre campagnes de fouilles de 1946 à 1950.
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En 1953 le collège de France crée pour Claude Schaeffer la chaire d’archéologie orientale qu’il occupera jusqu’en 1969.
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Le 25 août 1982, Claude Schaeffer meurt d’un cancer à Saint-Germain en Laye.