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Su padre, don Juan de San Martín, era el gobernador del departamento; su madre, doña Gregoria Matorras.
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San Martin se mudó junto a su familia a España. Allí empezó su carera de militar.
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En 1808 las tropas de Napoleón invaden la Península y el rey Fernando VII es hecho prisionero.
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Por su intermedio obtuvo un pasaporte para viajar a Inglaterra, donde se encontró en 1812
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En 1813, lideró el regimiento Granaderos a Caballo que derrotó a los realistas en la batalla de San Lorenzo.
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De 1814 a 1817 organizó el Ejército de los Andes, con el cual cruzó la Cordillera y logró la independencia de Chile.
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En 1820 llegó al Perú,