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La acción duró casi dos horas. En cuanto a las bajas, los datos varían en las fuentes o crónicas. Pedro Cieza de León afirmó que murieron 9 pizarristas y 120 almagristas. En todo caso, no debieron superar en conjunto las 150 bajas. Almagro sería luego procesado sumariamente y condenado a muerte por decapitación; pero como la sentencia provocó protestas en el Cuzco, Hernando Pizarro ordenó que fuera ahorcado en su celda. Su cadáver fue sacado a la plaza y degollado, cumpliéndose así la sentencia.
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Un ejército incaico se topó en Cajamarca con los conquistadores españoles encabezados por Francisco Pizarro, a poco de haber finalizado la guerra civil entre los dos herederos al trono inca, Huáscar y Atahualpa (hijos del inca Huayna Cápac). En dicho encuentro, Atahualpa, que aún celebraba su triunfo sobre Huáscar, fue tomado preso por los españoles.
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Atahualpa ofreció pagar un enorme rescate a cambio de su liberación y Pizarro aceptó su oferta. Tras recibir el rescate los españoles acusaron a Atahualpa de traición, de conspiración contra la corona española, y del asesinato de Huáscar.6 Le sometieron a juicio, le sentenciaron a muerte, y le ejecutaron por estrangulamiento.
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El ejército inca se las ingenió para retener al ejército de Pizarro frente a un conjunto de altas terrazas agrícolas e inundaron su posición con la finalidad de debilitar a la caballería española. Los españoles se retiraron por la noche hacia la ciudad del Cuzco. A pesar de esta victoria, la llegada de refuerzos españoles al Cuzco forzó a Manco Inca a abandonar Ollantaytambo y buscar refugio en los bosques de la región de Vilcabamba, donde un estado inca independiente sobrevivió hasta 1572.
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Creyendo que aún continuaba el cerco incaico del Cuzco, envió a Alonso de Alvarado con 500 soldados españoles, con la misión de pacificar toda la región y apoyar a los españoles que aún estuvieran defendiéndose en la capital imperial. Segundo en el mando fue designado Pedro de Lerma, quien quedó muy ofuscado pues había esperado que Pizarro le nombrara a él como jefe de la expedición. Esta disputa entre capitanes traería después serias consecuencias, como veremos más adelante.
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Del bando del Virrey murieron unos trescientos, mientras que los rebeldes lamentaron escasísimas bajas: apenas siete. Pizarro no se ensañó con sus prisioneros; Hernández Girón y Benalcázar, heridos en la lucha, obtuvieron honorable perdón. Apenas unos cuantos de los más recalcitrantes antigonzalistas fueron ahorcados o desterrados a Chile. Fue suerte para los realistas que allí no estuviese el cruel Francisco de Carvajal, pues entonces ninguno hubiese escapado de la muerte.
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José Gabriel Condorcanqui, más conocido como Túpac Amaru II. Descendiente de la realeza inca, José Gabriel Condorcanqui, curaca de Surimana, Tungasuca y Pampamarca, adoptó el nombre de Túpac Amaru II y encabezó la más formidable revolución indígena de la época colonial, en protesta por el maltrato que recibían los indios por parte de los corregidores.
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La expedición libertadora embarcó en 1820 al mando de José de San Martín tras conocerse la rebelión de Riego. San Martín desembarcó al sur de Lima, en el puerto de Pisco. A partir de ese momento, diversas provincias y pueblos del Perú empezaron a declarar su independencia de España, tales como Huamanga, Tarma, Lambayeque, Ferreñafe, Trujillo y Cajamarca.
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en 1821 San Martín ocupó la capital virreinal (Lima) y proclamó la Independencia del Perú el 28 de julio de ese mismo año.
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La batalla de Ayacucho fue el último gran enfrentamiento comprendido dentro de las campañas terrestres de las guerras de independencia hispanoamericanas en América del Sur y significó la consolidación de la independencia de la República del Perú.