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Fue derogada por el Código Fiscal de la Federación de 1938, conservando igual competencia para el Tribunal, misma que a través de leyes especiales se fue ampliando. Así en el año de 1942 la Ley de Depuración de Créditos otorga competencia para conocer de esta materia a cargo del Gobierno Federal.
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Se crean dos Salas más, que aumenta el número de magistrados a veintiuno.
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En el año de 1967 se expide una nueva Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, en la que se previeron los aspectos orgánicos del propio Tribunal, incrementándose a veintidós magistrados.
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Se crea una nueva Ley y se sustituye la de 1978
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Se expide un nuevo Código Fiscal, conservando básicamente las normas procesales en los mismos términos. Posteriormente se incluyen en este ordenamiento las disposiciones relativas a la queja, para lograr el adecuado cumplimiento de las sentencias.
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Se modifica el Código Fiscal y la Ley Orgánica del Tribunal, con el objeto de promover la simplificación administrativa, y se suprime la competencia que hasta ese entonces otorgaba la Ley para que la Sala Superior revisara las resoluciones de las Salas Regionales a través del recurso de revisión.
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Entra en vigor la Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, conservando su nombre y la competencia, pero modificando la integración de la Sala Superior de nueve magistrados a once, así como su forma de operación a través de Pleno o Secciones. Estas últimas conforme a la Ley son dos y se integran cada una con cinco magistrados.
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El Congreso de la Unión aprueba las reformas en materias trascendentales para el Tribunal, como son: en primer lugar el cambio de nombre de la Ley Orgánica y del nombre de la Institución, por el de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, reflejando con ello la competencia que a través de los casi 65 años de existencia se le ha ido asignado
