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Se establecen 4 ministerios: Secretaría de Relaciones Exteriores e Interiores, de Justicia y Negocios Eclesiásticos, de Hacienda Pública, de Marina y, de Guerra. Se establece el Reglamento para el Gobierno Interior y Exterior de las Secretarías de Estado y Despacho Universal que sería el órgano regulador de las funciones de las primeras cuatro Secretarías que conformaron la administración pública de México.
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Cambios en la CPEUM en que se dice que cambio en el nuevo número de secretarios y una ley para los negocios del gobierno (Art. 117).
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Problemas internos por la pugna por el poder encabezada por los grupos conservador y liberal que caracterizó al S. XIX y que constituyó una gran limitante para el desarrollo del país en todos sus órdenes. Con el triunfo del grupo conservador, se crea el Supremo Poder Conservador y se elaboran las Bases y Leyes Constitucionales de la República Mexicana.
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Al final de las múltiples idas y venidas de Antonio López de Santa Anna al poder lanza el decreto Bases para la Administración de la República por medio del cual los ministerios vuelven a recibir el nombre de secretarías y la estructura administrativa aumenta y diferencia aún más sus funciones.
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Se facultó al presidente nombrar a los secretarios y cambiar el nombre de los ministerios. Como consecuencia del movimiento liberal que concluye con el levantamiento de Ayutla y la promulgación de la Constitución de 1857.
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Carranza creó secretarías, departamentos y expidió la Ley de Secretarías de Estado. Así los encargados del poder ejecutivo, se vieron en la necesidad de hacer cambios en algunas secretarías, para adaptarse y satisfacer las necesidades políticas, sociales y económicas. Se expide la Primera Ley de Secretarías y Departamentos de Estado, se establecen 5 secretarías y se introduce el concepto de Departamentos de Estado como dependencias auxiliares del presidente en los asuntos de carácter técnico.
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Con Lázaro Cárdenas la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado sufre dos modificaciones. La primera para dar lugar a la creación de tres departamentos: Autónomo de Asuntos Indígenas; Educación Física y el de Forestal de Caza y Pesca. Y la segunda se hace con el objeto de separar las funciones de Guerra y Marina en: Secretaría de la Defensa Nacional y Departamento Autónomo de la Marina Nacional.
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En el periodo Manuel Ávila Camacho se elevó a categoría el Departamento de Marina y Departamento de Trabajo a Secretarías, quedando el último como Secretaria del Trabajo y Previsión Social.
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Se crea la Secretaria de Bienes Nacionales e Inspección Administrativa. Se crea la Dirección de Organización Administrativa. 13 Secretarias y 2 Departamentos.
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Con Adolfo López Mateos hay una iniciativa de Ley de Secretarías y Departamentos de Estado: resultando en el ordenamiento de Secretarías y Departamentos, y mayor facultad del Ejecutivo de nombres Secretarías. La Secretaria del Patrimonio Nacional sustituye a la de Bienes nacionales e Inspección Administrativa. La Secretaria de la Presidencia La de Obras Publicas La Secretaria de Economía se sustituye a la de Industria y Comercio Se crea el Departamento de Turismo.
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Con Gustavo Díaz Ordaz se crea la Comisión de Administración Pública, órgano dependiente de la Secretaría de la Presidencia.
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En el sexenio de Luis Echeverría se expande el sector paraestatal desordenadamente. La Dirección General de Estudios Administrativos. Se llevó por primera vez una reforma administrativa de base y metódica que perdura hasta nuestros días. Se iniciaron una serie de importantes reformas administrativas en México, pues fue en éste sexenio cuando se constituyó la Comisión de Administración Pública que formuló un diagnóstico titulado informe sobre la Administración Pública.
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Durante la presidencia José López Portillo se emite la Primera Ley Orgánica de la Administración Pública.
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Se puso en marcha el Programa Inmediato de Reordenación Económica para reformar la LOAP, en la que se establecen importantes reformas que crearon varias Secretarías de Estado, entre ellas la de Energía, Minas e Industria Paraestatal, la de Desarrollo Urbano y Ecología. En los años posteriores, se impulsó la simplificación administrativa, buscando agilizar trámites y dar servicios más eficaces a la ciudadanía. Se crea la Secretaría de la Contraloría General. Se modifican 3 secretarias.
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Se eliminan la Secretaría de Programación y Presupuesto Se modifican las secretarias: Secretarias de Desarrollo Urbano y Ecología con el nombre de Desarrollo Social. La de Salubridad y Asistencia Cambio por el de Salud.
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En este año hay Reforma a la ley orgánica. En la misma línea de transformar a la Procuraduría se reformo la ley orgánica y se reprimió la referencia del procurador en la lista de los órganos de la administración centralizada, tratando de convencer que el procurador no era autónomo. Se crea la Secretaria de Medio Ambiente, Recursos naturales y Pesca. La Secretaria de Energía.
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Con Ernesto Zedillo: el Programa de Modernización de la Administración Pública, el Sistema Integral de Administración Financiera Federa, la Nueva Estructura Programática y el Sistema de Evaluación del Desempeño. Se creó la Consejería Jurídica del Ejecutivo Federal. La LOAPF: Título 1o., Cap. único, Art. 1: Cómo está conformada la estructura y la organización de la APF, centralizada y paraestatal, se tienen el mismo rango entre ellas; actualmente se cuenta con 18 secretarías.
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En el sexenio de Vicente Fox se impulsó el Modelo Estratégico de Innovación Gubernamental .Este modelo estratégico tiene como misión recuperar la confianza de los ciudadanos en el gobierno
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Para el periodo de Felipe Calderón el proceso de modernización administrativa se llevará en dos instancias: primero, el Programa de Mejoramiento de la Gestión, (2007-2012) a cargo de la Secretaría de la Función Pública, y segundo, el Presupuesto Basado en Resultados y el Sistema de Evaluación del Desempeño, bajo la responsabilidad de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.
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En la CPEUM determina que "La Soberanía Nacional reside Esencial y originariamente en el pueblo y se ejerce por medio de los Poderes de la Unión, en los Casos de la Competencia de Estos, y por los de los Estados y la CDMX, en lo que toca un Regímenes sus interiores, cuarto de los términos respectivamente establecidos por la Constitución Federal y las particulares de los Estados y de la CDMX "(CPEUM 2016: Arts. 39º y 41º).