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En 1821, con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios; empero, para 1835 con la creación del quinto ministerio el Ministerio de Relaciones Interiores, inicia el proceso de diversificación del sistema administrativo en materia de estructura y funciones.
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En esta etapa es donde se promueven las secretarias esto se deriva de la necesidad de poder alcanzar los objetivos planteados por la administración.
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Persisten las secretarias, pero con el incremento de departamentos administrativos por lo que la carga administrativa fue mayor.
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La CAP se concentra en dictaminar la más adecuada estructura de la Administración Pública y sus posibles modificaciones; también, propone reformas a la legislación y las medidas de administración que procedan.
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En este periodo, el papel de la sociedad civil en relación a la participación de la planeación nacional recobra importancia. Ya no sólo se requiere dar un mejor servicio, ahora la transparencia de los servicios públicos se integra en las reformas administrativas.
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En el ámbito jurídico se reformó la Ley Federal de Responsabilidades de los Servidores Públicos, se elaboró el Programa para la Modernización de la Empresa Pública, surge la Contraloría Social, se determina la autonomía del Banco de México, se crea el Instituto Federal Electoral y el Tribunal Federal Electoral, entre otros.
