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Defendía que Dios crea la naturaleza para dar lugar a las especies debido a su tendencia natural hacia la complejidad y a las adaptaciones causadas por las variaciones ambientales.
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Argumenta que los animales sin vértebras, desde organismos rudimentarios, como los "infusorios", hasta los mamíferos, establecen una clasificación general basada en la sucesión de diagramas anatómicos complejos. Suponía una evolución gradual de los seres vivos a lo largo del tiempo geológico que explicaba la creciente complejidad anatómica.
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Darwin introdujo la teoría científica de que las poblaciones evolucionan durante el transcurso de las generaciones mediante un proceso conocido como selección natural. Presentó pruebas de que la diversidad de la vida surgió de la descendencia común a través de un patrón ramificado de evolución.
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Para el naturalista, la vida era una lucha por la existencia, donde sobreviven los más capaces de adaptarse al medio, lo que explica la variedad de especies que existen en el mundo y su habilidad para aclimatarse a diferentes entornos y reproducirse. Concluyendo así, con la selección natural.
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Darwin aplica la teoría de la evolución de la selección natural a la evolución humana haciendo hincapié sobre la importancia de la selección sexual. Además, aborda aspectos sobre psicología evolutiva, ética evolutiva, diferencias entre las distintas razas de seres humanos así como el papel dominante de la mujer en la elección de compañeros de apareamiento.