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En 1821, con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios; empero, para 1835 con la creación del quinto ministerio el Ministerio de Relaciones Interiores.
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En 1861, con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalización del gobierno, obteniendo competencias, por ejemplo, en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras públicas.
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Una gran contribución fue la creación de la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas, en 1891. En este periodo, la Administración Pública adquiere un carácter típicamente capitalista pues el Estado pretende el papel de actor principal de la sociedad y lo refleja en la Ley de Desarrollo.
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Con la promulgación de la Constitución de 1917 será necesario la reforma administrativa para alcanzar los ideales revolucionarios; con ello, se promueve la Ley de Secretarías que configura los órganos centrales en secretarías y departamentos administrativos.
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En 1971 es creada la Secretaría de la Presidencia y la Dirección General de Estudios Administrativos (DGEA), que sustituyó a la CAP, y queda a cargo de las actividades en materia de reforma administrativa
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Otra secretaría con gran auge en este periodo fue la Secretaría de Educación Pública, creada en 1921, a la que se le otorgó la mayor partida económica.
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En 1928 la Secretaría de Hacienda es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación, incluyendo “estudios sobre la organización administrativa, coordinar actividades y sistemas de trabajo para lograr eficiencia en los servicios públicos” (Morales, 2004).
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Con la llegada de Miguel Alemán a la presidencia, se publica la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1946), que establece a la Administración Pública como pilar para el desarrollo del capitalismo impulsando la actividad económica y la eficiencia en el servicio público.
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Con el gobierno de José López Portillo, en medio de la crisis económica y social, propone tres vías de acción: la alianza para la producción, la reforma política y la reforma administrativa. Esta última deroga la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958) y decreta la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal.
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Adolfo López Mateos, reformó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958), en la cual se introduce la Secretaría de la Presidencia para formular los objetivos y procedimientos de la planeación económica y social del país. Para siguientes gobiernos, ésta fue la base de la programación-planeación; esta reforma administrativa trataba de agilizar, hacer eficaz y modernizar el aparato administrativo.
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En esta reforma administrativa integral es creada la Comisión de Administración Pública (CAP), en 1965, que tiene como objetivos la eficiencia en el proceso de desarrollo económico y social, establecer técnicas de organización administrativa y preparación del personal gubernamental.
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En 1996, se decretó el Programa de Administración Pública (1995-2000) que contiene dos grandes objetivos: a) transformar la Administración Pública en una organización eficaz, eficiente y con cultura de servicio; b) combatir la corrupción y la impunidad.
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Con la Declaración del Milenio, en el año 2000, se refuerza la esencia de la Administración Pública: mejorar la capacidad de los servidores públicos; desarrollar una eficaz y eficiente administración financiera; promover la innovación permanente, e impulsar las tecnologías de la información y comunicación.
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En 2009, entre la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, la Secretaría de Gobernación y la Secretaría de la Función Pública, determinaron una estrategia para reforzar el marco normativo interno de cada institución y, al mismo tiempo, homologar los procesos y la eficiencia de la Administración Pública Federal, por lo que se elaboraron los llamados Manuales Administrativos de Aplicación General.
