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Con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios.
Para 1835 con la creación del quinto ministerio el Ministerio de Relaciones Interiores, inicia el proceso de diversificación del sistema administrativo en materia de estructura y funciones. -
Con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalización del gobierno, obteniendo competencias, por ejemplo, en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras públicas, entre otros.
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Creación de la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas.
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Durante el gobierno de Porfirio Díaz se incrementaron los ministerios a ocho, se implementó en el presupuesto la partida doble, reglamentos interiores de las diferentes secretarías y la consolidación de la deuda pública.
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Con la promulgación de la Constitución será necesario la reforma administrativa para alcanzar los ideales revolucionarios; con ello, se promueve la Ley de Secretarías que configura los órganos centrales en secretarías y departamentos administrativos.
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Para sistematizar el apoyo a diferentes secretarías y realizar estudios para mejorar la Administración Pública fue creado el Departamento de Contraloría (1918-1932).
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Creación de la Secretaría de Educación Pública, a la que se le otorgó la mayor partida económica.
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La Secretaría de Hacienda es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación, incluyendo “estudios sobre la organización administrativa, coordinar actividades y sistemas de trabajo para lograr eficiencia en los servicios públicos”
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Con la llegada de Miguel Alemán a la presidencia, se publica la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado, que establece a la Administración Pública como pilar para el desarrollo del capitalismo impulsando la actividad económica y la eficiencia en el servicio público.
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Con Adolfo López Mateos, en materia de Administración Pública, se reformó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado, en la cual se introduce la Secretaría de la Presidencia para formular los objetivos y procedimientos de la planeación económica y social del país.
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Es creada la Comisión de Administración Pública (CAP), que tiene como objetivos la eficiencia en el proceso de desarrollo económico y social, establecer técnicas de organización administrativa y preparación del personal gubernamental.
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Es creada la Secretaría de la Presidencia y la Dirección General de Estudios Administrativos (DGEA), que sustituyó a la CAP, y queda a cargo de las actividades en materia de reforma administrativa.
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La DGEA estuvo a cargo de la coordinación global de los trabajos de reforma administrativa y publicó las Bases para el Programa de Reforma Administrativa del Poder Ejecutivo Federal 1971-1976, integrado por once programas, proporcionando la referencia para las reformas en materia de programación, gasto público, recursos materiales, recursos humanos, entre otros.
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Con el gobierno de José López Portillo, en medio de la crisis económica y social, propone tres vías de acción: la alianza para la producción, la reforma política y la reforma administrativa. Esta última deroga la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958) y decreta la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal.
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Se publicó el Plan Nacional de Desarrollo 1983-1988 y para apoyar y auxiliar las medidas de modernización administrativas establecidas, se implementaron acciones de reorganización de las secretarías de estado.
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Para 1996, se decretó el Programa de Administración Pública (1995-2000) que contiene dos grandes objetivos: a) transformar la Administración Pública en una organización eficaz, eficiente y con cultura de servicio; b) combatir la corrupción y la impunidad.
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Entre la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, la Secretaría de Gobernación y la Secretaría de la Función Pública, determinaron una estrategia para reforzar el marco normativo interno de cada institución y, al mismo tiempo, homologar los procesos y la eficiencia de la Administración Pública Federal, por lo que se elaboraron los llamados Manuales Administrativos de Aplicación General.