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Desarrolló un microscopio útil compuesto
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Primera clasificación bacteriana
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Desarolló la vacuna para la viruela humana a partir del virus de la viruela bovina
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Fermentación láctica: descubrimiento de la bacteria que la produce.
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Fermentación butírica: carácter anaerobio de sus agentes.
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Debido a su intervención para evitar "las enfermedades del vino" y de la cerveza, crea el proceso de Pasteurización.
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Publicó su primer trabajo sobre cirugía antiséptica titulado: "De un nuevo método de tratamiento de las fracturas complicadas, abscesos, etc, con observación acerca de las condiciones de la supuración". Y mediante calor desarrolló la práctica de la asepcia y antisepsia.
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Se inventó el primer autoclave.
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Introdujeron el uso de agar como medio de cultivo. Koch incluyó este medio para cultivar la bacteria Mycobacterium tuberculosis y lo citó en la nota preliminar sobre el bacilo.
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Desarrolló la llamada tinción de Gram, demostrando dos categorías generales de bacterias.
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Descubre la vacuna contra la rabia.
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Desarrolló una especie de caja cilíndrica de vidrio, llamada placa de Petri.
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Descubren el agente causal de la peste.
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Descubren virus de bacterias (bacteriófago).
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Descubre las transformaciones bacterianas
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Descubre la penicilina, antibiotico utilizado hoy en día como tratamiento antibacteriano.
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Descubre la actinomicia.
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Descubre la estreptomicina, descubrimiento que se le atribuyó a Selman A. Waksman.
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Desarrollan la primera generacion de quinolonas (ácido nalidíxico)
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Genoma de E. coli es secuenciado.
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Empiezan programas de microbiología en alimentos alrededor del mundo.