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Fra il IV e il V secolo, la Chiesa definisce con chiarezza il proprio annuncio, perché ci furono interpretazioni scorrette della verità rivelata da Dio, dette "eresie". Per questo motivo, i vescovi si riunirono in Concili per salvaguardare il messaggio della Chiesa: uno di questi fu il Concilio di Nicea, che aveva come tema la divinità del Figlio
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Il Concilio di Costantinopoli aveva come tema la divinità dello Spirito Santo
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Papa Gregorio ebbe un ruolo determinante nell'unificazione culturale e religiosa dell'Europa: promosse l'attività missionaria per portare il messaggio della Chiesa tra i popoli barbari
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L'Islam, la religione fondata da Maometto, conquistò molti territori dell'Impero bizantino. I seguaci dell'Islam cercarono di raggiungere anche l'Europa, ma furono fermati a Poitiers dai Franchi nel 732
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Carlo Magno, re dei Franchi fu proclamato imperatore dell'impero carolingio e cercò l'unificazione religiosa dell'Europa,diventando il protettore della Chiesa. Il rapporto tra Chiesa e Impero era difficile perché l'Impero interveniva in campo spirituale, mentre la Chiesa diventava sempre più una potenza politica.
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Papa Gregorio VII, con la sua riforma "Dictatus Papae", cercò di sottrarre la Chiesa al controllo dell'Impero. Con la scomunica dell'Imperatore Enrico IV, iniziò lo scontro tra Papato e Impero
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Lo scontro tra Papato e Chiesa continuava. Papa Innocenzo III voleva che la Chiesa fosse una "teocrazia", cioè che l'autorità religiosa fosse considerata superiore ad ogni altra autorità terrena, non solo in ambito spirituale, ma anche politico.Innocenzo III fu il protagonista della lotta contro l'eresia.
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Nacquero gli ordini mendicanti, come i dominicani e i francescani, che vivevano in povertà e volevano diffondere la buona novella nel mondo in mezzo alla gente. vivendo solo con le offerte.
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Nacque così il Tribunale dell'Inquisizione, per condannare gli eretici: se l'imputato confessava, veniva rilasciato e sottoposto a delle pene; se rifiutava e continuava a sostenere le sue idee eretiche, veniva condannato a morte.