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El espacio geográfico en donde hoy se encuentra asentada nuestra ciudad era parte de los diversos sitios que los nativos kumiai frecuentaban según sus necesidades alimenticias y climáticas. Fue poblada originalmente por los kumiai (k'miai) o los tipai (Alta California) y ipai (Baja California) una de las familias indígenas que junto con los cucapá, paipai, y kiliwa, poblaron el norte de la península de Baja California.
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El primer explorador europeo que navegó frente a las costas de lo que hoy es el municipio de Tijuana, fue Juan Rodríguez Cabrillo, quien partió del puerto de Ensenada, Baja California, México, rumbo al norte y después de navegar seis días, arribó a la bahía de San Diego California.
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El primer europeo que puso pie en el hoy municipio de Tijuana fue el padre misionero Fray Junípero Serra. En su diario existe la siguiente anotación: «Día 1 de julio, sábado, emprendimos de buena mañana nuestra última jornada [...] nos vimos en la orilla del paraje del puerto, donde estaban dando fondo los dos paquebotes San Carlos y San Antonio [...] Así fue nuestra llegada con salud de todos, felicidad y contento al famoso y deseado [puerto de San Diego].»
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Se establecen fronteras en un concordato firmado entre los frailes dominicos y franciscanos, acuerdo legalizado por el virrey Antonio Bucareli y Ursúa. El territorio era atendido material y espiritualmente por la Misión de San Diego de Alcalá que en su frontera sur llegaba a cinco leguas antes del arroyo de San Juan Bautista, esa era la frontera o demarcación entre la Alta y la Baja California establecida. El valle de Tijuana formaba parte de la Alta California.
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Fray Francisco Palou señaló físicamente el término entre ambas californias, con una gran cruz que colocó en las peñas del cerro que queda frente a los médanos, en lo que después se llamó "El Descanso". En tal virtud, pertenecían a la circunscripción territorial de la Misión de San Diego de Alcalá las rancherías o campamentos indígenas de La Punta, Milijó, Tía Juana, Otay, San Isidro, Quanayuel, San Antonio Abad o San Antonio de los Buenos, Rosario, Jamul y Tecate.
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Este territorio localizado en una amplia cañada sobre el río Tijuana y rodeado de múltiples cerros, lomas y cañones, fue otorgado bajo el nombre de "Tía Juana" al militar y político californiano Santiago Argüello Moraga a través del jefe político del Departamento de las Californias, José María Echeandía.
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En esta época Tijuana fungía en calidad de comisaría municipal, dependiente del municipio.
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Fecha oficial de la fundación de Tijuana y tal efeméride fue promovida por el VIII Ayuntamiento en el año 1976.
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Desde la época prehispánica y durante el periodo misional, los indígenas de los alrededores se asentaban junto a los manantiales posteriormente llamados Agua Caliente. Despues el lugar perteneció al rancho Tía Juana.
Los descendientes de don Santiago Argüello, al carecer de recursos para explotar por sí mismos los mencionados manantiales, rentaron esa parte del predio al doctor estadounidense David Hoffman, quien formó una compañía conocida como Agua Caliente Sulphur Hot Spring. -
El centro turístico se inauguró con el hotel que comprendía 50 habitaciones, casino, restaurante y galgódromo.
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Más tarde se reorganizó la compañía con el nombre de Jockey Club y construyó un hipódromo, también se instaló un campo de golf, ambos ofreciendo elevados premios en sus eventos.
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El general Lázaro Cárdenas clausuró el Casino de Agua Caliente y el Foreing Club, al decretar prohibida la operación de casinos en todo el país. Años después el general decretó la Zona Libre Parcial en el Territorio Norte por diez años. Dos años después de la clausura, se expropió el Centro Turístico Agua Caliente para establecer el Centro Escolar Industrial. Actualmente, en este lugar se encuentra la Preparatoria Federal Lázaro Cárdenas.
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Se inauguró la plaza de toros "El Toreo de Tijuana".
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Se creó el predio legal de la ciudad. Ese año también se empezó a exigir pasaporte a los mexicanos para cruzar la línea internacional México-Estados Unidos.
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Inicia sus funciones el primer ayuntamiento de la ciudad de Tijuana.
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Se estableció la repetidora de Telesistema (hoy Televisa). De esta manera, dicha empresa comienza una fructífera historia en la ciudad.
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Se inició el programa de empresas maquiladoras, un avance para la economía y el futuro de la ciudad, pues desde entonces se han instalado unas 560 fábricas maquiladoras que dan empleos y generan bienes de exportación.
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En 1970 se inauguró el Aeropuerto Internacional Abelardo L. Rodríguez en la delegación Mesa de Otay.
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Luis Donaldo Colosio Murrieta, candidato del PRI a la presidencia de la República, fue asesinado en el suburbio de Tijuana, Lomas Taurinas, durante un mitin de su campaña. Este trágico acontecimiento conmovió al país entero.
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La ciudad obtuvo el rango de Arquidiócesis metropolitana o capital de provincia eclesiástica, en ella reside el arzobispo, la provincia eclesiástica abarca la totalidad de las diócesis de la península de Baja California y parte del vecino estado de Sonora.
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Tijuana vio la luz de un museo interactivo cuya temáticas principales son la ciencia y la tecnología. Dicho museo adquirió el nombre de "El Trompo, Museo Interactivo Tijuana". El museo ha adquirido importancia desde su creación, tanto que en 2015 fue considerado uno de los 100 destinos imperdibles en México por parte de la Secretaría de Turismo.
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Fue sede del Premundial Sub-17 de fútbol de la Concacaf, celebrado en el estadio Caliente.
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Es titulada "Ciudad Heroica", por el Centenario de la Toma de Tijuana por parte de los filibusteros en 1911, en el marco de la Revolución Mexicana. También en junio, se delimitó el territorio del Municipio de Tijuana comprendiendo desde la Presa el Carrizo hasta el Océano Pacífico.
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Se inaugura en la ciudad el World Trade Center Tijuana, siendo este el 5º en la República Mexicana.
