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Hubo nueve rectores, destacaron el primero, José María Gómez y Villaseñor (figura principal durante el Gobierno Insurgente en Guadalajara), Juan José Moreno (michoacano, humanista), José Simeón de Uría (gran defensor de los derechos raciales de las castas y de los negros); José Ángel de la Sierra (liberal y colaborador del periódico "El Despertador Americano") y José Miguel Gordoa y Barrios (diputado y presidente de las Cortes de Cádiz).
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Inaugurada originalmente como "La Real Universidad de Guadalajara" tras 100 años de gestiones hacia la corona española y la intervención del obispo Fray Antonio Alcalde y Barriga.
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Como consecuencia de las pugnas entre los liberales y conservadores después de la guerra de la Independencia, la Universidad sufre cierres y rupturas. Generando cambios de denominación.
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Después de establecerse el 29 de marzo de 1826 por el gobernador del Estado Prisciliano Sánchez, la nueva institución es inaugurada con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional.
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El gobernador del Estado José Antonio Romero decreta la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias.
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Congreso del Estado de Jalisco decreta el "Plan General de Enseñanza Pública" que suprime tanto la Universidad y restablece el Instituto de Ciencias.
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Se decreta que coexistirán el Instituto de Ciencias y la Universidad, aunque ésta perdería sus fondos –exceptuando los fondos donados por fray Antonio Alcalde.
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Con el triunfo de los centralistas del Plan del Hospicio, el gobernador del Estado José María Yáñez decreta la fusión del Instituto de Ciencias en la Universidad, por lo cual recupera su tradicional patrimonio.
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El gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado decreta la segunda clausura de la Universidad y el restablecimiento del Instituto tras la triunfa del Plan de Ayutla.
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El gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decreta la tercera clausura de la Universidad, con el restablecimiento de la Junta Directiva de Estudios, el Instituto de Ciencias y los Liceos de Varones y de Señoritas.
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La denominación "Universidad de Guadalajara" desapareció y sólo el último rector Juan Nepomuceno Camarena, intenta restaurarla con el título de Imperial. Sin embargo, la iniciativa no prospera, sino hubo un enfoque en centralizar la educación superior en la capital del país.
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El gobernador de Jalisco Manuel M. Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco como una institución precursora.
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Gobernador José Guadalupe Zuno instaura nuevamente la Universidad de Guadalajara, luego de 65 años de prolongada ausencia.
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Se presenta el "Plan de Desarrollo Institucional: Una Visión a Futuro" por el rector Raúl Padilla López.
Este documento comprendía cuatro grandes líneas de desarrollo:
1) Acceso democrático a la educación y excelencia académica
2) Descentralización y regionalización
3) Vinculación con los sectores sociales y productivos
4) Flexibilidad académica y administrativa. -
La Universidad inicia un proceso de reforma que culmina con nuevas estructuras académicas y administrativas y se integra la Red Universitaria.
La Universidad expande sus servicios de nivel medio superior y superior a todo el territorio del Estado de Jalisco y fortalece su vocación científica y de difusión de la cultura. -
Se materializa la nueva Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara. Se reconoce la autonomía universitaria en materia de planeación académica y administración de los recursos. Se adopta el modelo departamental, así como el sistema de créditos.
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La Universidad de Guadalajara actualiza su Plan de Desarrollo Institucional, visión 2014–2030.
Se inician gestiones para nuevos centros universitarios y mejora de instalaciones en centros actuales; además de incorporarse a la red a partir de la creación del Sistema de Universidad Virtual.
Logrando brindar oportunidades educativas a casi 100 mil alumnos más que los que había en 1994, prácticamente duplicando la matrícula.