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Diego López de Salcedo, fue nombrado por el emperador como gobernador de Honduras, substituyendo a Saavedra.
Los colonos españoles se rebelaron en contra de sus líderes, y los indios se rebelaron contra sus patrones, y contra los malos tratos. -
Pedrarias gobernador de Castilla del Oro quien deseaba a Honduras como parte de sus dominios y en 1528 Pedrarias arrestor a Salcedro y lo obligo a ceder el territorio pero Salcedro lo rechazo el acuerdo -
Los colonos se convirtieron en árbitros del poder. Ponían y sacaban gobernadores. Ante esta situación, los colonos solicitaron a Pedro de Alvarado poner fin a la anarquía. -
Con la llegada de Alvarado, el caos disminuyó, y la región quedó bajo su mandato. -
Francisco de Montejo fue nombrado gobernador. Al llegar a Honduras, anuló las reparticiones de tierras hechas por Alvarado. Su capitán, fue el responsable de sofocar la revuelta india de 1537 y 1538, dirigido por el cacique Lempira. -
Montejo y Alvarado tuvieron serios desacuerdos sobre la región lo cual, llamó la atención de el Consejo de Indias. Montejo se fue a Chiapas, y Alvarado se convirtió en gobernador de Honduras.