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Durante el gobierno de Alfonso Antonio Portillo Cabrera, nacido en Zacapa el año 1951, se promovió la descentralización del poder por parte de grandes industrias a lo largo de todo el país (como la cervecera, azucarera, entre otros), el cual comenzó a llevarse a cabo a partir de la Firma de los Acuerdos de Paz el año 1996.
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El día 24 de julio de 2003 se llevó a cabo el actualmente conocido como "jueves negro" en varias zonas capitalinas de la ciudad. Se dieron muchísimas protestas teniendo como objetivo el permitirle al ex-coronel Efraín Ríos Montt participar como candidato presidencial en el proceso electoral llevado a cabo ese mismo año.
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El ex-presidente Óscar Berger Perdomo tomó posesión del poder el 14 de enero de 2004. En su gobierno sufrió de muchas complicaciones, especialmente debidas al Huracán Stan que atacó Centroamérica en 2005. Pese a ello, realizó obras como la construcción de carreteras importantes en Guatemala y la remodelación del Aeropuerto La Aurora.
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El día 12 de diciembre de 2006 fue creada, con ayuda de la Organización de las Naciones Unidas, la Comisión Internacional Contra la Impunidad en Guatemala, cuyo objetivo principal fue combatir la corrupción y la existencia de cuerpos ilegales de seguridad en el país. Esta comisión fue disuelta en 2019.
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En el año 2008 se desató una crisis económica a nivel mundial debido al colapso de la burbuja inmobiliaria en los Estados Unidos de América aproximadamente en el año 2006. Guatemala sufrió un gran golpe durante esta crisis, existiendo enormes tasas de desempleo y pobreza en general.
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El día 6 de julio de 2011, Cristina Siekavizza y su esposo Roberto Barreda tuvieron una fuerte discusión en casa. Casi diez años después, el cuerpo sin vida de Cristina aún no ha sido encontrado por las autoridades respectivas. Este lamentable caso deja en evidencia el pésimo sistema judicial de Guatemala, y la enorme tasa de femicidios injustos en el país.
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El día 4 de agosto de 2012, en los Juegos Olímpicos celebrados en la ciudad de Londres ese mismo año, el federado Erick Bernabé Barrondo ganó la medalla olímpica de plata en la disciplina de marcha. Esta medalla, hasta el día de hoy, sigue siendo la única medalla olímpica de Guatemala en unos Juegos Olímpicos.
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El 16 de abril de 2015 dio inicio al Caso de La Línea, en el que la CICIG mencionó a varios de los altos mandatarios del país en aquél entonces culpándolos de corrupción en muchos aspectos. Entre las personas culpadas por la comisión se encontraban los actuales presidente y vicepresidenta del país, Otto Pérez Molina y Roxanna Baldetti.
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Desde aproximadamente alrededor del año 2017, el ex-mandatario del país por el partido FCN Jimmy Morales exigía la salida de Iván Velásquez, presidente de la CICIG, y la misma comisión, la salida de todo el sistema de Guatemala. Aproximadamente en el año 2019 el ex-presidente logró su cometido, disolviendo completamente la CICIG en Guatemala.
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El día 21 de marzo de 2020, el actual presidente de la república, el doctor Alejandro Giammattei, anunció que a partir del día 22 de marzo del mismo año comenzaría un toque de queda a nivel nacional debido a la cercanía de la pandemia ocasionada por el COVID-19 en nuestro país.