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El primero de enero de 1937, entró en vigor la Ley de Justicia Fiscal y con ella inician las actividades del entonces Tribunal Fiscal de la Federación. Conforme a lo dispuesto por esta Ley
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Un año después de haber entrado en vigor la Ley de Justicia Fiscal, fue derogada por el Código Fiscal de la Federación de 1938,conservando igual competencia para el Tribunal, misma que a través de leyes especiales se fue ampliando
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Así en el año de 1942 la Ley de Depuración de Créditos otorga competencia para conocer de esta materia a cargo del Gobierno Federal.
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En el año de 1967 se expide una nueva Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, en la que se previeron los aspectos orgánicos del propio Tribunal, incrementándose a veintidós magistrados, integrando las siete Salas que ya existían, más el Presidente que no integraría Sala, asimismo se establecían las normas relativas a la competencia que tenían asignada, conservando el Código las correspondientes al procedimiento.
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A esta Ley la sustituye una nueva que se expide con el mismo nombre en el año de 1978 y en la que se prevé la Regionalización del Tribunal, creándose las Salas Regionales y la Sala Superior, precisándose la competencia de ambas la diferencia era fundamentalmente respecto a la cuantía del asunto; asimismo se prevé el recurso de revisión, con el que se otorga a la Sala Superior facultades para revisar las sentencias dictadas por las Salas Regionales.
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Posteriormente en el año de 1988, se modifica el Código Fiscal y la Ley Orgánica del Tribunal, con el objeto de promover la simplificación administrativa, y se suprime la competencia que hasta ese entonces otorgaba la Ley para que la Sala Superior revisara las resoluciones de las Salas Regionales a través del recurso de revisión.
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Para 1996 entra en vigor la Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, conservando su nombre y la competencia, pero modificando la integración de la Sala Superior de nueve magistrados a once, así como su forma de operación a través de Pleno o Secciones. Estas últimas conforme a la Ley son dos y se integran cada una con cinco magistrados.
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Es a finales del año 2000 cuando el Congreso de la Unión aprueba las reformas en materias trascendentales para el Tribunal, como son: en primer lugar el cambio de nombre de la Ley Orgánica y del nombre de la Institución, por el de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa
