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El 1° de enero de 1937, entra en labores el entonces Tribunal Fiscal de la Federación, conforme a lo dispuesto de la Ley de Justicia Fiscal promulgada en el año de 1936. Este estaba integrado por 15 magistrados, distribuidos en 5 salas con 3 magistradas cada una. Lo que el legislador les asigno, eran materia estrictamente fiscal, conociendo de las controversias que se suscitaban de actos o resoluciones emitidas por autoridades fiscales.
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Un año después de haber entrado en vigor la Ley de Justicia Fiscal, fue derogada por el Código Fiscal de la Federación de 1938. Pero el Tribunal conserva su competencia y nombre.
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Crece la competencia del Tribunal para conocer de la Depuración de Créditos, de los requerimientos de pago por la SHCP, conocer controversias surgidas por resoluciones emitidas por el IMSS, controversias por pensiones de militares, controversias por las aportaciones conforme a la Ley del INFONAVIT, interpretación de contratos de obra pública, resoluciones que fincan responsabilidades contra funcionarios públicos entre otros temas.
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Para el año de 1946, se crearon dos Salas más, y aumenta el número de magistrados a 21.
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En este año se expide una nueva ley orgánica del Tribunal, y se anexan aspectos orgánicos de este, incrementándose así a 22 magistrados, integrando 7 salas, que son la que ya existían, más el presidente del tribunal que no integraría Sala; se asigna la competencia; se introduce el concepto de Organismo Fiscales Autónomos y se otorga al Tribunal facultades para conocer el juicio de lesividad.
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A la ley mencionada del año 1967, la sustituye la del año 1978, conserva el mismo nombre, pero, en esta se prevé la Regionalización del Tribunal, se crean salas regionales y una Sala Superior, se precisa la competencia de todas, se prevé el recurso de revisión, con el que se le otorga a la sala superior facultades para revisar sentencias dictadas por las Salas Regionales.
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Se conservan normas procesales en los mismos términos. Se incluyen disposiciones relativas a la queja, para logra un adecuado cumplimiento de las sentencias.
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Se modifican el Código Fiscal y la Ley Orgánica del Tribunal, el objetivo era simplificar los procesos administrativos. También se suprime la competencia que se le había otorgado a la Sala Superior de la revisión de resoluciones de las Salas Regionales.
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Es promulgada una nueva ley llamada Ley Federal del Procedimiento Administrativo, esta entre otras leyes otorgan más competencia al Tribunal, en materia de comercio exterior, juicios de la resoluciones recaídas con respecto al recurso de revocación, así como también al recurso de revisión contemplado en la ley mencionada al principio.
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En este año, entra en vigor la nueva Ley Orgánica, conservando su nombre y la competencia, pero se modifica la integración de la Sala Superior de nueve a once magistrados, también se modifica su forma de operación.
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El Congreso de la Unión aprobó reformas, como lo son, el cambio de nombre de la Ley orgánica y el nombre de la institución a Tribunal Federal de justicia Fiscal y Administrativa, con ello se da a notar una nueva competencia para este tribunal, que solo señala lo que este ya realizaba, aun así ya oficialmente se le otorga la competencia de conocer juicios promovidos en contra a resoluciones dictadas de procedimientos administrativos.
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En 2005 vuelven a existir grandes cambios para el Tribunal y queda establecido en su actual sede y queda estructurado así, un Pleno de la Sala Superior, dos secciones, una Junta de Gobierno y Administración, 23 Regiones, 44 Salas Regionales y 3 Salas Especializadas en Propiedad Intelectual, Juicio en Línea y Medio Ambiente y Órganos Reguladores.
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En el año 2011 el Tribunal se coloca en la vanguardia internacional al poner en funcionamiento el Juicio en Línea.
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El Congreso de la Unión expresamente denomina en el texto Constitucional que el Tribunal conserva su autonomía plena jurisdiccional. Es así que esta reforma trae cambios en la ley orgánica y el Tribunal deja su nombre anterior convirtiéndose ahora en Tribunal Federal de Justicia Administrativa.
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Es oficial el cambio de nombre del Tribunal y queda conformado de esta forma, por un Pleno General de 16 magistrados, 3 secciones de Sala Superior, una Junta de Gobierno, 7 Salas Especializadas y 58 Salas Regionales y Mixtas establecidas en 28 entidades de la Republica
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El Tribunal Federal de Justicia Administrativa, no cesa sus funciones a pesar de la pandemia y pone a disposición para todos los justiciables el Juicio en Línea 2.0.
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