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La creación del microscopio fue gracias a Zacharias Janssen, quien fue el primero en estudiar tejidos vivos al microscopio. Robert Hook y Antoni Van Leeuwenhoek, condujeron al descubrimiento del universo microbiano.
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Antoni van Leeuwenhoek, fue el primero en descubrir las bacterias mediante microscopios muy rudimentarios para la tecnología actual e informo de sus investigaciones en una serie de cartas a la prestigiosa Royal Society de Londres, que las publico en 1684.
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Louis Pasteur puso fin a la Generación Espontánea gracias al Matraz de Pasteur. Este mediante el uso de calor, descubrió que si se calentaba considerablemente una solución nutritiva y después se precintaba no se pudría, ya que, sostenía que la putrefacción del material nutritivo provenía de microrganismos del aire o de aquellos presentes en la sustancia nutritiva.
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Koch descubrió la célula causante de la tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis, gracias a los cultivos puros obtenidos de seres humanos y animales con la ayuda de sus postulados.
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Sergei Winogradsky descubrió que las bacterias que usan compuestos de nitrógeno y azufre catalizaban transformaciones químicas específicas en la naturaleza, y debido a esto, planteo el concepto de "quimiolitotrofia", que es la oxidación de compuestos inorgánicos para obtener energía. Además, fue el primero en aislar una bacteria fijadora de nitrógeno.
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La mayor contribución de Beijerinck al campo de la microbiología fue la técnica del cultivo de enriquecimiento. En el cual, los microorganismos se aíslan de muestras naturales mediante nutrientes y condiciones de incubación muy selectivos para favorecer un grupo metabólico concreto de organismos. Beijerinck aisló los primeros cultivos puros de muchos microorganismos edáficos y acuáticos, como las bacterias reductoras de sulfato y mucho más.