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Con la fundación de Santiago de Guatemala, se instaura el primer cabildo. Esta sería la primera institución con jurisdicción en el Reino de Guatemala, y particularmente en la provincia homónima.
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Primer institución jurisdiccional, con atribuciones judiciales, de tipo eclesiástica.
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Aunque fue inicialmente erigida en Guatemala, pasó a Comayagua y posteriormente a Gracias a Dios. En 1549 se logró trasladar a Guatemala, pero fue suprimida en 1563, debido a abusos cometidos en ella.
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La Audiencia es reinstalada en Santiago de Guatemala en 1568. Inicia sus funciones judiciales en 1570, como tribunal de alzada y con mayor relevancia en toda la jurisdicción del Reino de Guatemala. Veía casos criminales y civiles.
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Para 1572, el tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, que se encontraba en México, nombra a Diego de Carvajal como comisario para ejercer su oficio en Guatemala.
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En 1743 la Diócesis de Guatemala es elevada a Arquidiócesis, por lo que sus cargas judiciales aumentaron considerablemente, al quedar otras mitras cercanas a su cargo.