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Un grupo de militares liderados por el coronel Adolfo Majano expulsó al general Carlos Humberto Romero y formó una Junta Revolucionaria de Gobierno tras anunciar la Proclama de la Fuerza Armada.
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El Arzobispo de San Salvador, Monseñor Óscar Arnulfo Romero, fue asesinado durante la celebración de una misa, en la capilla del hospital Divina Providencia.
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Fundado como la alianza de las organizaciones político militares de izquierda: las Fuerzas Populares de Liberación Farabundo Martí (FPL), el Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP), la Resistencia Nacional (RN) y el Partido Comunista Salvadoreño (PCS). En diciembre del mismo año se sumó el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC).
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El año 1980 fue muy determinante para el inicio de la guerra civil en El Salvador, dada la serie de eventos represivos por parte del Estado y organizaciones paramilitares, replicados por acciones violentas de las organizaciones guerrilleras.
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Al final de 1980, la iglesia contabilizó 28 miembros asesinados (incluyendo al Arzobispo) y 21 detenidos, además de acciones terroristas como 14 bombas, 41 ataques con ráfagas de ametralladora, 15 robos, y 33 tomas de iglesias.
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El FMLN lanzó una ofensiva general y llamó a una insurrección a nivel nacional, la cual no tuvo éxito en la toma del poder, pero fue la acción de la guerra civil propiamente dicha.
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Se dio a conocer un documento elaborado por la Agencia Central de Inteligencia (CIA) demostrando el envío de armas a los guerrilleros salvadoreños desde Nicaragua. Muchos sandinistas dejaron sus hogares y se fueron a El Salvador a combatir del lado del FMLN.
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Las Fuerzas Armadas salvadoreñas también se involucraron directamente en la represión indiscriminada, siendo el más notorio de estos incidentes la denominada Masacre de El Mozote entre el 10 y el 13 de diciembre de 1981.
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Fue elegida una nueva Asamblea Constituyente. Durante los 20 meses siguientes, la asamblea constituyente desarrolló intensos debates en el proceso de redacción de la nueva Constitución de la República
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El entrando en vigencia cinco días después. Posteriormente, Álvaro Magaña fue nombrado presidente provisional por la asamblea constituyente.
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Duarte ganó las elecciones presidenciales en 1984 ante D'Aubuisson de ARENA.
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Duarte realizó dos reuniones históricas de diálogo y negociación con la alianza FMLN-FDR, una en el pueblo de La Palma, Departamento de Chalatenango, y la segunda en Ayagualo, Departamento de La Libertad.
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Siguiendo un plan estratégico que según algunos medios de prensa Fidel Castro conocía de antemano, el FMLN lanza su ofensiva militar llamada “Hasta el Tope”.
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En abril de 1989, el FMLN presentó en Washington su plataforma para negociar el fin de la guerra civil.
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Al establecerse una especie de equilibrio de fuerza, el gobierno de ARENA accede a la firma del Acuerdo de Nueva York el 31 de diciembre, y el 16 de enero de 1992 las negociaciones terminaron con la firma de los Acuerdos de Paz en el Castillo de Chapultepec, en México, poniendo fin a 12 años de conflicto interno. Al final de la guerra civil se contabilizó la muerte de más de 75,000 civiles salvadoreños y de alrededor de 9,000 desaparecidos.
