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Gabino Gainza concretó la anexión a México el 5 de enero de 1822 y duró hasta el 1º de julio de 1823
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la República Federal sufre una fuerte inestabilidad política, dejando como resultado en ese periodo un total de 23 jefes de estados. Ante esta creciente inestabilidad política, las exigencias de la población se incrementa y cada Estado opta por la separación de la Federación.
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Las constituciones de los estados y de la federación se programan para empezar a colocar los cimientos del edificio de los estados en Centroamérica.
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Surge en El Salvador la rebelión de las comunidades Nonualcas encabezadas por Anastasio Aquino, todo eso origino a la república federal la elección de nuevos residentes.
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El gobierno federal decidió abandonar Guatemala y crear un distrito federal en San Salvador.
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En El Salvador, la lucha comienza con Eugenio Aguilar (1846-1848) liberal por excelencia que viendo la deplorable ruta que llevaba la economía salvadoreña (su base económica era el añil hasta mediados del siglo XIX) opta por introducir un nuevo cultivo, el café, que luego sería impulsado por el Capitán General Gerardo Barrios (1860-1863).
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El Salvador sufre su mas significativa derrota militar desde su independencia, la batalla de arada.
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El capitán Gerardo Barrios regresa a El Salvador siendo este capturado entregándolo a Dueñas este lo somete a consejo de guerra y es fucilado.
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Dueñas termina su presidencia en 1876, asumiendo en su lugar Rafael Zaldívar (1876-1885) de corte liberal, profundiza los cambios de esa corriente en el país