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D. Sebastião morreu na batalha de Alcácer-Quibir, no Marrocos, lutando contra os mouros.
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Como D.Sebastião não deixou herdeiros, o seu parente mais próximo era Filipe II, rei da Espanha. Então ele resolveu juntar os dois reinos, criando assim a União Ibérica.
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Com a união das coroas, criou-se um problema na relação com os Países Baixos, deflagrando um conflito que resultou na fundação da Província das Repúblicas Unidas, sob a liderança holandesa.
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Filipe II proibiu o comércio entre as colônias ibéricas e os Países Baixos. Os holandeses não aceitaram a proibição de fazer comércio com o Brasil, e fundaram a Companhia das Índias Ocidentais, financiada por banquiros e mercadores holandeses.
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Depois de várias tentativas de invasão os holandeses conseguiram se fixar em Pernambuco.
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Com a chegada de Nassau, ele denominou a região de Nova Holanda e a governou durante 7 anos. Ele reorganizou a producão de açúcar, incentivou o plantio de fumo e realizou obras públicas e reformas na cidade de Recífe.
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O alto custo das guerras contra Países Baixos, Inglaterra e França causaram o fim da União Ibérica e consequente independência de Portugal, com a coroação de D. João IV.
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A Companhia das ïndias Ocidentais exigiu o pagamento dos emprestimos concedidos aos senhores de engenho ameaçando confiscar as suas propiedades. Por Maurício de Nassau não concordar com estas orientações foi substituido no comando do território.
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Os senhores de engenho comandaram uma rebelião que durou até 1654, e acarretou na expulsão dos holandeses.