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El 1 de enero de 1937 entra en vigor la Ley de Justicia Fiscal y, con ella inician las actividades del Tribunal Fiscal de la Federación.
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A tan solo un año de haber entrado en vigor la Ley de Justicia Fiscal, es derogada e implantada en su lugar el Código Fiscal de la Federación
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El Tribunal aumenta su estructura de 5 a 7 Salas y de 15 a 21 magistrados, además, muda su domicilio a Calle de la Palma número 5.
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La estructura del Tribunal se incrementa a veintidós magistrados. Se introduce el concepto de Organismos Fiscales Autónomos y se otorga al Tribunal facultades para conocer de los juicios de lesividad.
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Se prevé la regionalización del Tribunal, creándose las Salas Regionales y la Sala Superior. La diferencia entre ellas es respecto a la cuantía de los asuntos que tratan. Se prevé el recurso de revisión, con el que se otorga a la Sala Superior facultades para revisar las sentencias dictadas por las Salas Regionales.
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Se expide un nuevo Código Fiscal. Posteriormente se incluyen en este ordenamiento las disposiciones relativas a la queja, para lograr el adecuado cumplimiento de las sentencias.
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La modificación tiene por objeto promover la simplificación administrativa. Se suprime la competencia que hasta entonces otorgaba la Ley para que la Sala Superior revisara las resoluciones de las Salas Regionales a través del recurso de revisión.
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Este ordenamiento modifica la integración de la Sala Superior, pasando de nueve a once magistrados, así como su forma de operación, a través de Pleno o Secciones.
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El Congreso de la Unión aprueba reformas en materias trascendentales para el Tribunal como son: El cambio de nombre de la Institución por el de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa. Asimismo, se les proporcionaron facultades al Pleno para determinar las regiones y el número y sede de las Salas, así como la forma de integrar jurisprudencia al resolver contradicciones de las resoluciones de las Secciones o de las Salas Regionales.
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En el año 2011, el Tribunal pone en funcionamiento el Juicio en línea.
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El Congreso de la Unión denomina, expresamente, al Tribunal en el texto constitucional, conservando su autonomía plena en materia jurisdiccional.