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Warshall nació en Nueva York, bajo el seno de una familia de clase promedio.
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Warshall empezó sus estudios en la universidad de Harvard luego de haber salido egresado del AB Davis High School en Mount Vernon, Nueva York. En Harvard obtuvo el título de licenciado en matemáticas.
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ORO fue un programa creado por Johns Hopkins para realizar investigación y desarrollo para el ejército de los Estados Unidos.
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Luego de dejar ORO, Warshall ayudó a construir un laboratorio de investigación y desarrollo para proyectos de software militar.
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Durante un día de trabajo, Stephen y un colega apostaron una botella de ron sobre quién podía idear una prueba que determinara si el algoritmo siempre funcionaba. A Warshall se le ocurrió la prueba de la noche a la mañana, por lo que ganó la botella de ron y determinó que su algoritmo siempre funcionaba.
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Warshall dejó Operaciones Tácticas para fundar COMPASS. Esta empresa estuvo vigente desde 1961 hasta 1987 y se enfocó en principalmente en el diseño e implementación del lenguaje de programación, especialmente en la transformación fuente a fuente.
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En 1963, COMPASS pasó a ser parte de Applied Data Research (ADR). Después de la fusión, Warshall se asentó en la junta directiva de ADR y administró una variedad de proyectos y organizaciones. Finalmente se retiró de ADR y se dedicó a dar una clase semanal en hebreo bíblico en el Templo Ahavat Achim en Gloucester, Massachusetts.
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Durante este periodo de tiempo, se dedicó a dar conferencias en Francia sobre ingeniería de software.
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Finalmente, Stephen Warshall fallece el 11 de diciembre del 2006, a la edad de 71 años, en Gluocester, Massachusetts.