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Tomando como punto de referencia a la Secretaría de la Cámara del Virreinato (una especie de gabinete del Virrey de la Nueva España), y en concordancia con la concepción de Gobierno en un Estado nació surgido del pensamiento liberal europeo (que concibe al poder ejecutivo como responsable de la seguridad y ejecución de las leyes; la defensa y ejercicio de la soberanía; y la administración de la economía), delineó tres eventuales despachos de negocios: Gracia y Justicia, Guerra y Hacienda.
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Mencionaba la facultad del Supremo Gobierno (depositario del Ejecutivo) para formar ministerios o despachos para el ejercicio de sus deberes.
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Luego de concluida la independencia, la Junta Provisional Gubernativa (con facultades legislativas) estableció que la regencia y el ente que se encargara eventualmente del poder ejecutivo, dispusiera de cuatro despachos: Secretaría de Estado y del Despacho de Relaciones Exteriores e Interiores; Secretaría de Estado y del Despacho de Guerra y Marina; Secretaría de Estado y del Despacho de Hacienda; y Secretaría de Estado y del Despacho de Justicia y Negocios Eclesiásticos.
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José Justo Corro siendo presidente dentro de un sistema centralista, hubo un intento por separar las áreas de Política exterior y Política interior, pero esto no se pudo realizar por la inestabilidad política. En los años siguientes dichas áreas fueron separadas y fusionadas ocasionalmente, cambiando también las facultades y atribuciones, incluyendo las de seguridad pública. En ese mismo escenario, pasaron de la denominación de ministerios al de secretarías con frecuencia.
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Durante el último gobierno de Antonio López de Santa Anna, surgió la quinta dependencia del gobierno nacional. El entonces llamado Ministerio de Fomento, Colonización e Industria y Comercio, se constituyó a partir de funciones específicas, y hasta entonces poco asistidas, del resto de los despachos, como lo era el apoyo a la industria, la inventiva y el emprendimiento de negocios particulares; es decir, su área de políticas públicas correspondían a organizar el desarrollo del país.
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Durante el Imperio de Maximiliano de Habsburgo, se establecieron nueve departamentos ministeriales, siendo estos de acuerdo con su artículo 5º:
Ministro de la Casa Imperial, de Estado, de Negocios Extranjeros y Marina, de Gobernación, de Justicia, de Instrucción pública y cultos, de Guerra, de Fomento y de Hacienda.
En 1867 al término del Imperio y con el restablecimiento de la República, quedaron separadas de manera definitiva las secretarías Gobernación y Relaciones Exteriores. -
Se retiraron de la Secretaría de Fomento, las funciones de elaboración y dirección de la infraestructura pública, para crear la séptima área en el organigrama del gobierno federal: la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas. Otro cambio significativo el reacomodo de las funciones en el sistema de aranceles e impuestos vinculados al comercio, que al pasar de la secretaría de Fomento a la de Hacienda, terminó por configurar de manera definitiva la vigente estructura y nombre de esta última.
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Fue creada la octava dependencia del gobierno federal; La Secretaría de Justicia e Instrucción Pública fue dividida dos instituciones diferentes: la Secretaría de Justicia y la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes.
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Fueron reasignadas las responsabilidades de dos despachos, Hacienda y Fomento, para formar la Secretaría de Industria y Comercio, la novena de la historia.
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La secretaría de Industria y Comercio fue reintegrada a la de Fomento; como entes adscritos a las secretarías estado fueron creados los Departamentos Administrativos con funciones esencialmente coyunturales, que no requerían de estructuras normativas o políticas más elaboradas; las secretarías de Gobernación y Relaciones Exteriores volvieron a ser fusionadas, ahora con el nombre de Secretaría de Estado; las antiguas secretarías de Justicia e Instrucción fueron recategorizadas como Departamentos.
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Nueva Ley de Secretarías de Estado separó Relaciones Exteriores y Gobernación; integró en nombre y responsabilidad el área de Agricultura a la secretaría de Fomento; la de Industria y Comercio vio integrada en denominación y encargo el área de Trabajo (relaciones laborales institucionales). Esta ley creo la PGR, que en el marco de las reformas al Poder Judicial, le depositaban al poder ejecutivo las facultades de investigación, persecución y fiscalía de los delitos de orden federal.
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Las tareas de las secretarías fueron ampliándose, y con ello la creación de departamentos adjuntos a ellas y al propio Presidente de la República. Destacan en los cambios generados en esta expansión de las políticas públicas, las fundaciones por decretos presidenciales de la Secretaría de Educación Pública.
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Se crea el Departamento del Distrito Federal.
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El 1 de noviembre de 1937 la Secretaría de Guerra y Marina cambia de nombre a Secretaría de la Defensa Nacional; se crea el Departamento de Marina el 30 de septiembre de 1939.
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En 1937 se había creado la Secretaría de Asistencia Pública, que al fusionarse en 1943 con el Departamento de Salubridad originó la Secretaría de Salubridad y Asistencia. Mientras que en 1943 los departamentos de Trabajo y de Marina fueron elevados al rango con el nombre de Secretaría del Trabajo y Previsión Social y Secretaría de Marina respectivamente.
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Finalmente, en 1946 fue creada la Secretaria de Recursos Hidráulicos para sustituir a la Comisión Nacional de Irrigación.
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Fue creada la Secretaría de la Presidencia, responsable de organizar y coordinar de forma anual las actividades de las demás, la mayor obligación que se le entregó: administrar el presupuesto público del gobierno federal. La Secretaría de Bienes Nacionales e Inspección Administrativa, pasó a ser Secretaría del Patrimonio Nacional; la Secretaría de Economía se convirtió en Secretaría de Industria y Comercio; la de Comunicaciones y Obras Públicas fue separada en dos entidades distintas.
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12 de enero de 1972, el CU (Congreso de la Unión) expidió Decreto de reformas para suplencias de los Secretarios de Estado y sus facultades de delegar atribuciones y de expedir manuales de Org. y de Proced. 31 de diciembre de 1974, el CU expidió Decreto de reformas para crear la Secretaría de la Reforma Agraria y la Secretaría de Turismo. 19 de junio de 1976, el CU expidió Decreto de reformas para asignar atribuciones a las Secretarías del Trabajo y Previsión Social y de la Reforma Agraria.
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El 29 de diciembre de 1976 se publicó la aún vigente Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, expedida por el Congreso de la Unión, en la cual se crea la Secretaría de Programación y Presupuesto y se reguló por primera vez la administración pública paraestatal, la que, a partir de ello, cuenta con su propia legislación. El 02 de febrero de 1977 se publicó una Fe de Erratas.
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En el escenario de su plataforma de campaña denominada Renovación moral, se creó la Secretaría de la Contraloría General de la Federación, como encargada del correcto funcionamiento de la Administración Pública Federal, en un intento de combatir la corrupción. Además las secretarías de Asentamientos Humanos y Obras Públicas, y Salubridad y Asistencia, se convirtieron en Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología, y Secretaría de Salud respectivamente.
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Se devuelve la responsabilidad de administrar el presupuesto a la SHCP, con lo que desapareció el despacho de Programación y Presupuesto. Ese mismo año, cambiaron las atribuciones del área de Desarrollo Urbano y Ecología para crear la Secretaría de Desarrollo Social; el cambio fue a la par del fuerte impulso que recibió el eje de la política social del gobierno, el programa Solidaridad; quedando este cargo de esta secretaría.
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La Secretaría de Pesca recibió facultades del área de Ecología, para convertirse en Secretaría del Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca; con ello la de Agricultura y Recursos Hidráulicos se convirtió en Secretaría de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural. Además, las áreas de energía, minas e industria paraestatal, fueron ascendidas al rango de secretaría de estado con el nombre de Secretaría de Energía.
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El cambio más importante fue el de dirigir las facultades en materia de seguridad, de la secretaría de Gobernación a la nueva Secretaría de Seguridad Pública. El despacho de Comercio y Fomento Industrial se renombró Secretaría de Economía. Distintos cambios en las facultades trajeron la modificación en los nombres de algunas secretarías.
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Se presentaron como modificaciones, la desaparición de la Secretaría de Seguridad Pública para reintegrarla a Gobernación; la creación de la Secretaria de Cultura y la transformación de la Secretaría de la Reforma Agraria en Secretaría de Desarrollo Agrario, Territorial y Urbano; y la más importante, la reforma constitucional que separó del gabinete a la Procuraduría General de la República para crear la Fiscalía General de la República, cuyo titular sería nombrado por el Senado de la República.
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Impulsó reformas a la ley orgánica de la administración pública federal, para ampliar facultades o modificar los nombres y estrategias de algunas secretarías. Reaparece la Secretaría de Seguridad Pública, cambio de denominación de las secretarías de Desarrollo Social y la de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación, la primera para llamarse Secretaría de Bienestar, y la segunda para simplificarse como Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural.
