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GeoGebra surgió en 2001 como el trabajo de fin de máster en Educación Matemática en la Universidad de Salzburgo (Austria) de el profesor Markus Hohenwarter.
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Lo que se suponía que iba a ser una herramienta menor, casi de
uso personal, ganó en 2002 el premio de la academia europea de software (EASA)en la categoría de Matemáticas. -
En 2003 ganó el premio al mejor software académico austriaco. Hohenwarter se vio entonces obligado a continuar con el proyecto que se convirtió en el tema central de su tesis doctoral en la Universidad de Salzburgo (Austria).
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Se crea una red de Institutos GeoGebra Internacionales (IGI) que sirven como plataforma desde la cual profesores e investigadores de todo el mundo trabajan juntos para promover la docencia de las matemáticas.
