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Su nacimiento se dio en Fontiveros, Ávila, España. Sus padres fueron Gonzalo de Yepes y Catalina Álvarez.
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Debido a la pobreza de la familia, se vieron obligados a mudarse a Arrévalo.
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Tres años después, la familia deja Arrévalo para irse a vivir en Medina del Campo
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Allí aprendió a escribir en latín, a construir versos y a traducir a Cicerón, Julio César, Ovidio, Marcial y Horacio.
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Una vez en el Convento de los Padres Carmelitas en Medina del Campo, se cambia el nombre a Fray Juan de San Matías.
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Hasta 1567 estudió en el colegio de San Andrés de los Carmenes, para graduarse en artes.
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Regresa a Medina del Campo y como sacerdote celebra su primera misa.
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Con Santa Teresa de Jesús, entonces llamada Teresa de Cepeda y ahumada, hablan del proyecto de la "Reforma Carmelita".
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Funda en Duruelo, Ávila, el primer convento de la rama masculina del Carmelo Descalzo, siguiendo la regla primitiva de San Alberto.
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Una vez en Macera, él desempeñó el cargo de subprior y maestro de novicios.
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Se establece en Alcalá de Henares como rector del recién fundado Colegio convento de Carmelitas Descalzos de San Cirilo.
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Acá adquiere la tarea de vicario y confesor de las monjas dentro del convento La Encarnación
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Es detenido en Medina del Campo por unos Frailes descalzos.
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Él, hasta 1577, acompaña a Santa Teresa de Jesús en diferentes conventos de Descalzas.
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Es nuevamente apresado y trasladado al convento de Frailes Carmelitas de Toledo. Allí es obligado a retractarse de la Reforma teresiana. Al no hacerlo es recluido durante ocho m eses, donde escribe 31 estrofas de Cántico Espiritual.
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Con ayuda del carcelero, se escapa de la cárcel en medio de la noche y acude al convento de las Madres Carmelitas descalzas.
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Hasta 1582 permanece como Rector del Colegio Mayor en la Fundación de Baeza.
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Se marcha para Granada al ser nombrado Tercer Definidor y Prior de mártires.
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Se traslada a Segovia en el momento en el que es nombrado Primer Prior y Tercer Consiliario de la Consulta.
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Una vez en Segovia, cae enfermo en el convento de La Peñuela, es trasladado a Úbeda, donde muere en la noche entre el 13 y 14 de diciembre.
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En 1627 comienza el proceso de beatificación para Juan de Yepes Álvarez.
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Recibe la canonización por parte de Benedicto XIII.
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El papa Pio XI declara a San Juan de la Cruz Doctor de la Iglesia Universal.
