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Nace en la casa solariega de Loyola (en la parroquia de Azpeitia, Guipúzcoa) donde vivía su familia, perteneciente a la nobleza del señorío de Vizcaya.
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Es educado como caballero en el palacio del revelador mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, en Arévalo (Ávila).
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Como soldado del virrey de Navarra, Antonio Manrique, duque de Nájera, interviene en el combate contra las tropas francesas que pretendían invadir Navarra. Es herido en ambas piernas mientras resguarda el castillo de Pamplona.
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– Retirado a una vida de oración, meditación y penitencia, redacta, en una cueva de Manresa, Ejercicios espirituales.
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Estudia latín en la Universidad de Barcelona.
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Estudia lógica en Alcalá de Henares. Comienza a impartir ejercicios espirituales, actividad por la cual es considerado sospechoso de alumbramiento, procesado y condenado a no predicar durante tres años.