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Su llegada se origino debido a que el virrey iba a participar en el primer trayecto de la conquista del imperio incaico o de la zona del Perú.
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Manco Inca conversó con la hueste española y tras intercambiar
algunas palabras convino en acompañarlos en el
ingreso al Cusco. -
Manco Inca se estableció en Vilcabamba y a pesar de que los españoles conocían su
paradero no fueron tras él debido a que se encontraban en guerras intestinas por el
control político del territorio y posteriormente por la guerra entre los encomenderos y
los representantes de la corona española. -
Manco Inca consiguió cercar el Cuzco durante nueve meses, asediando constantemente a las
fuerzas españolas acantonadas en la ciudad sagrada -
Tras la muerte de Manco Inca a manos de un grupo de almagristas a fines de 1544,
sus hijos continuaron al frente del reducto de resistencia incaica pero su accionar ya
no tuvo la radicalización, ni la fuerza del movimiento
que encabezó su padre. Desde los primeros años en
que SaIri Túpac tuvo a cargo la resistencia, buscó
establecer relaciones con Pedro de la Gasca. -
Sayri Tupac logró un acuerdo beneficioso en 1558 y salió de
Vilcabamba con un repartimiento en el valle de Yucay y
aceptó someterse a las nuevas reglas establecidas por
los españoles. La élite incaica era reconocida de alguna
manera y por ello recibían ventajosos beneficios. -
Sayri Tupac murió en 1561 y es su hermano Titu Cusi Yupanqui quien tomó el control de la resistencia incaica. Este nuevo "inca" se declaró enemigo de los intereses españoles, organizando en un primer momento expediciones de hostilización a las poblaciones cercanas a Vilcabamba. Al mismo tiempo se contactó con el gobernador Lope García de Castro, tratando de llegar a algún acuerdo beneficioso para los rebeldes
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El misionero Diego Ortiz fue encontrado culpable siendo torturado y ajusticiado posteriormente. Los españoles y mestizos que se encontraban en Vilcabamba también fueron ajusticiados. La élite buscó un sucesor y fue así que su hermano Túpac Amaru empuñó el cetro y se ciñó la mascaipacha a comienzos de 1571.
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Atiliano de Anaya, el enviado del virrey, fue visto como espía y muerto a manos de los indígenas rebeldes. Ante esta respuesta el virrey Toledo le declaró la guerra al Inca de Vilcabamba en junio de
1572. El capitán Martín Hurtado de Arbieto y Juan Álvarez Maldonado estuvieron al frente de la expedición, pero fue el capitán García de Loyola quien lo capturó junto a otros miembros de la élite incaica -
Túpac Amaru I fue condenado a la pena capital junto con otros 5 miembros de la resistencia quechua. Autoridades, miembros del clero y de las órdenes religiosas y los principales vecinos del Cusco
exhortaron al virrey para que se retracte y no ajusticie al inca. El virrey irresoluto no cambió de parecer y ordenó la muerte definitiva del inca. El 22 de junio de 1572 Túpac Amaru fue decapitado en medio del clamor de casi toda la población cuzqueña