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Los españoles partieron al Cusco con el apoyo de nativos nicaragüenses, tallanes y esclavos, además ese mismo año se presentó Manco Inca ante Pizarro en Sacsawara y se quemó vivo al general atahualpista Quisquis
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Manco Inca asumió la mascaipacha de mano de Francisco Pizarro en 1534 convirtiéndose así en gobernante
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Se había fundado Jauja en 1534 como capital sin embargo por problemas e carácter económico, político y militar dejo de serlo y como nueva capital se fundó la ciudad de Lima en 1535
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Se inició el levantamiento de Manco Inca ante los abusos. Las tropas tomaron Sacsayhuamán, además los conquistadores recibieeron apoyo de los cañaris, chachapoyas y huancas .En los combates murió Juan Pizarro y Cahuide
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Se planeaba una estrategia por Manco Inca al enviar a Quiso Yupanqui a atacar Lima sin embargo debido a una traición y los refuerzos pedidos por Inés Huaylas causó la derrota y asesinato de Quiso Yupanqui.
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Los conquistadores lanzaron un ataque a Ollantaytambo , cuartel de Manco Inca y tropas incaicas inundaron el valle de Yuday para dificultar la acción
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después de su segundo intento sin éxito de tomar Cusco y el retorno de Almagro optó por retirarse a Vitcos y luego se refugio en Vicalbamba y finalmente murió a fines de 1544
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Llegó a un acuerdo con el virrey Andrés Hurtado de Mendoza, salió de Vilcabamba y se adecuó alas reglas de los españoles (cristinismo y aceptación de la autoridad del monarca) además recibió la encomienda del valle de Yucay, propiedades y amnistía.
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Murió quizás envenenado y es su hermano Titu Yupanqui quien tomó el control de la resistencia incaica.
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Surgió al sur de la ciudad de Huamanga, líderes predicaban el rechazo a lo hispano y restauración de la cultura prehispánica
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Se firmó la capitulación de Acobamba y en dicho tratado se ponía fin a las hostilidades y se perdonaban los actos cometidos por los rebeldes y este escribió una "Relación de la conquista del Perú" al rey Felipe II.
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A su muerte, se acusó a los españoles de haberlo envenenado, los misioneros agustinos que lograron entrar fueron vistos como responsables
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El virrey envió un negociador diplomático y este fue asesinado a manos de indígenas por lo que Toledo declaró la guerra al Inca y lo apresó. Llevado a la Plaza Mayor de Cusco donde finalmente fue ejecutado
