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Los generales de Atahualpa: Quisquis y Rumiñahui defendieron Cuzco y Quito, pero una vez más los conquistadores derrotaron a los incas. Su triunfo se debía a la cantidad de aliados indígenas y a la superioridad tecnológica..
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Manco Inca decidió rebelarse tras el trato humillante que recibía de los españoles. logro escapar y formó un gran ejercito para expulsar a los conquistadores
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La tropa incaica tomaron Sacsayhuaman pero los españoles ganaron gracias al apoyo de los aliados indigenas los Huancas.
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Manco Inca envió a Quiso Yupanqui a atacar Lima, pero los españoles recibieron refuerzo y derrotaron las fuerzas incaicas
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Tras las sucesivas derrotas y la escasez de alimentos los incas decidieron regresar a sus tierras. Manco Inca se retiro hacia Vitcos, los conquistadores fueron tras él pero logro huir a Vilcabamba.
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Acepto el requerimiento de cambio de tierra en Yucay,aceptando bautizarse.
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Tras la muerte de Manco Inca, sus tres hijos continuaron con la resistencia.
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En 1536 llegó a un acuerdo la cual acepta el bautizo y a cambio se le reconocía como inca con jurisdicción sobre Vilcabamba
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Continuó la resistencia. El virrey Francisco de Toledo mando a apresar al inca fue juzgado y ejecutado. De esta manera llego a su fin la dinastía de reyes incas del Perú.