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tras la invasión española se producirá una sangrienta resistencia andina desde 1532 hasta 1572 en su primera fase, llamada resistencia militar
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La cuidad de Lima se fundo como la nueva capital después de una sangrienta guerra contra los guerreros del curaca Tahulichusco quien no gobernó por una edad ya alta, Guachimano se encargo de gobernar el curacazgo de Lima. Ademas en el mismo año fue fundada Trujillo.
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para controlar a la población los españoles fundaron ciudades que cumplieron un doble papel de tipo administrativo y militar l primera fue Piura.
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Los españoles partieron al Cusco. Los atahualpitas seguían las acciones de Pizarro y sus aliados. El ejercito de Atahualpa ataco a la vanguardia española. Manco Inca se presento ante Pizarro en Cusco. Los españoles vieron como su titere los llevaria a la capital imperial, con astucia podia confiar en ellos quemando vivo al Quisqui. Los españoles ingresaron a la capital del Tahuantisuyo por el cerro Carmenca. lo que ghicieron fue saquear el templo de Coricancha y flagelar a las mujeres.
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Después de que los españoles fundaron Pira siguieron con Cusco y Jauja como capital de la gobernación e Franciso Pizarro
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se inicio el levantamiento de Manco Inca ante los abusos de los hermanos Pizarro, convenció Hernando Pizarro que lo deje viajar al valle de Yucay para traer una estatua de oro pero trajo un ejercito para enfrentarse a los españoles, los españoles lograron contraactar y omar la fortaleza Cahuide.
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Llego el mariscal Alvarado con refuerzos, ademas de la presencia de Almagro con un contingente de mitimaes chachapoyasnos y cañaris, lo cual obligo a Manco Inca retirarse a Ollantaytambo y luego a Vilcabamba, donde continuo la resistencia por tres décadas mas.
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3 años después de la fundacion de Trujillo y Lima, fundaron chachapoyas en 1538
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Luego de fundar Chachapoyas el año anterior fue fundado Huamanga en 1539
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Arequipa fue una de las ultimas ciudades fundadas esta se fundo en el 1540
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Sayri Thupa recibio una propuesta de los españoles a través de Juan de Sierra, convenció al inca para que la acompañe a Lima, para hacer un pacto con el virrey Hurtado de Mendoza marques de Cañete
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Reconocido como Felipe II, a cambio de prebenas y dominios feudales en Yucay pero nunca disfruto de ello pues murió en 1560
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Titu Yupanqui reinicio la resistencia militar con ataques a encomenderos peroen 1565 Juan de Mantienzo sorprendió con un ardid a Titu Kusi, le dio una oferta de paz suscrita.
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En el pueblo de Acombaba se reconocía como legitimo inca de Vilcabamba a Titu Kusi Yupanqui a cambio de recibir espías misioneros. Con el propósito de localizar el refugio del inca y eliminarlo.
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Hernando Hacaspoma de Cajatambo afirmaba ser religioso, planteando que había un dios y una religión para los blancos y otra para los nativos estas ultimas debían honrar a las huacas y a los malquis.
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Este mio siendo envenenado por los frailes españoles siendo ajusticiados por la gente de Titu Yupanqui
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Francisco de Toledo encomendó a los generales Martin de Hurtado y Luis de Toledo, aplastar al inca y su corte. Despues de las batallas de Cuyaochaca y Wayna Pucara resultaron victoriosos tomaron Vilcabamba que fue incendiada y abandonada por ordenes del mismo inca trata de refugiarse en la selva pero fue traicionado y entregado por el curaca Manarie a los españoles lo decapitaron en la plaza del Cusco en 1572 en presencia del virrey Toledo