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El nombre del Departamento se coloco en honor al río de los Achaguas: Casanari (Río de Aguas Negras); esta dentro de las tierras descubiertas por Nicolas de Federman, Jorge Spira y Felipe Hutten. Colonizado por los jesuitas, fundadores de las primeras poblaciones. SIglo XVIII.
Hacia parte de la Provincia de los llanos de Casanare.
Admisnistrada por un gobernador, que dependia directamente del Virrey de Santa Fe. -
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Por decreto ejecutivo nacional se creó la Comisaría Especial de Casanare, siendo suprimida años mas tarde por problemas sociopoliticos.
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Dependiente esta de Tunja y Villavicencio, Jefatura que continuo dependiendo del Departamento de Boyaca hasta el año de 1973.
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segregándola del territorio del Departamento de Boyaca. Mas tarde Casanare se convierte en Departamento después del advenimiento de la Constitución de 1991.