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Fue un caudillo líder de la mayor rebelión indígena anticolonial que se dio en América durante el siglo XVIII. Descendía de Tupac Amaru I (último Sapa inca, ejecutado por los españoles en el siglo XVI), usó indistintamente los dos nombres.
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En 1742 estalló la más grande rebelión de nativos amazónicos de la etapa colonial.Su líder fue Juan Santos Atahualpa, un mestizo descendiente de la nobleza incaica, educado por los jesuitas.
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Fue un militar y precursor de la independencia del Perú. Recibe el título de comandante militar de la Unión Americana.
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Se dirigió contra el régimen colonial. Las tropas del virrey se organizaron en Cerro de Pasco y se dirigieron a Huánuco, donde se produjo la batalla de Ambo.Los indígenas se dispersaron y los cabecillas fueron capturados por González Prada.
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Atacan a los cuarteles donde se halla la tropa realista. Muchos oficiales criollos, entre ellos el Teniente Santiago Pastraña, hacen causa común con los insurgentes.
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Se produjo un golpe de Estado incruento en el que la guarnición del Cuzco se sumó masivamente a los ideales independentistas.El presidente de la Audiencia y el regente Manuel Prado y Ribadeneira fueron depuestos. José Angulo asumió el cargo de "Capitán General de las Armas de la Patria y gobernador político".